鄂尔多斯市疾病预防控制中心，前身是鄂尔多斯市防疫站。始建于1957年，对外挂牌鄂尔多斯市防疫站、地方病防治站、职业病防治所、结核病防治所，承担着两站两所的工作职责任务。
2003年，随着市场经济的全面推进及与国际接轨的发展需求，市防疫站同全国防疫站一样，将行政执法功能分离出去，成立卫生监督所，防疫站更名为疾病预防控制中心。鄂尔多斯市疾病预防控制中心是集疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导于一体的公共卫生技术服务机构。
中心党委下设四个党支部，包括3个在职支部和一个退休支部。经编委批准中心设有22个科室，其中职能科室4个，业务科室17个，中心检验室1个。现有在编在岗人员132人，其中正高职称34人，副高职称40人，中级职称40人，
初级职称16人。其中
博士3人，
硕士14人，
本科67人，其他人员都具有大专或中专以上学历。