在一般土壤其污染物质主要集中于表层（0-5cm）、耕作土壤则集中于耕层（0-20cm）。土壤酸化后，氮便不能在土壤中转化为可供植物吸收的硝酸盐或铵盐，磷酸盐也会变成难溶性沉淀。被酸化土壤由于缺少可供植物吸收的氮、磷等，会影响植物的生长，湖泊被酸化，则危害水生生物的生存。
在一般土壤其污染物质主要集中于表层（0-5cm）、耕作土壤则集中于耕 层（0-20cm）。土壤被酸化后，氮便不能在土壤中被转化为可供植物吸收的硝酸盐或铵盐，磷酸盐也会变成难溶性的沉淀。被酸化的土壤由于缺少可供植物吸收的氮、磷等，从而影响植物的生长，湖泊被酸化后则危害水生生物的生存。在
石油化工联合企业附近降落的雨水常常呈酸性、pH达3.7，对土壤起酸化作用，这是大气污染对土壤性质的影响。
酸性气体排放研究都表明，菜籽油生物 柴油的酸化效应比石油柴油略强。由于生物柴油中基本不含硫，它燃烧时的SO2排放要比石油柴油低很多；另外，从生物柴油的全生命周期看，生产过程中会有副产品甘油生成，把它用等价物代替并分析计算，会降低SO2的排放。不管是生物柴油还是石油柴油，他们的NOx的排放接近；HCl的排放量也很少，可以忽略不计。对生物柴油最不利的因素是它会有大量的NH3产生，这主要是在农业生产过程中产生的。大量NH3的排放会增加生物柴油的酸化效应。另外，如果用餐饮业废油作原料，生产的生物柴油酸化效应会大大降低。
对石油柴油来说，N2O的排放对温室气体排放总量影响不大，而对生物 柴油来说，N2O排放的影响是很大的。国外两组研究人员的结果表明，如果不包括N2O，则生物柴油的温室气体排放较少，分别是1603和1484gCO2当量/kg石油柴油，而且不同研究者的结果差异也很小；但如果把N2O排放计算在内，温室气体排放增加了将近一倍，分别是3416和2381gCO2当量/kg石油柴油，而且不同研究者结果差异较大。这是由于在生物柴油的全生命周期研究过程中，包括了化肥的生产和农作物的收割等，这些过程都有大量N2O排放。
温室气体排放以上的结果主要是针对菜籽油为原料生产的生物柴油，其他原料生产的生物柴油温室气体排放与其并不一样。图1中列出了以餐饮业废油、葵花油和菜籽油生产的生物柴油与石油柴油在全生命周期中温室气体的排放。由于在生产过程中，葵花油要比菜籽油少使用氮肥，它生产的生物柴油温室气体排放要明显降低；而对餐饮业废油来说，它本身是使用过的废品，不需考虑生产、种植、收割、榨油等过程的排放，因此N2O排放很少，也就显著降低了生物柴油的温室气体的排放。2009年菲律宾研究了椰子油生产的生物柴油的全生命周期，表明对减少温室气体排放方面，它与以餐饮业废油为原料时接近。这主要是由于菲律宾的机械化程度低，大都手工劳动，使用化石能源要相对低于欧洲、美洲，因此会有少的温室气体排放，当然能量输入也会相对较少。我国的情况与菲律宾近似，因此可以借鉴他们的研究以及结果。