重庆医科大学原名重庆医学院，由原上海第一医学院于1956年分迁来渝组建而成。建校以来，学校秉承“严谨、求实、勤奋、进取”的校训，高度重视实验教学建设。经过52年的发展，基础医学实验教学内容和手段不断创新，并取得了丰硕的教学改革成果，实验室建设得到快速发展和壮大。

基础医学实验教学中心依托重庆医科大学基础医学相关学科、教研室、博士点、基础医学一级学科硕士点和生物学二级学科硕士点；神经病学、临床检验诊断学国家级重点学科；人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、法医学、生物化学与分子生物学、遗传学等5个重庆市“十一五”重点学科；临床检验诊断学、感染性疾病分子生物学等2个教育部重点实验室；生物化学与分子药理学重庆市重点实验室；组织胚胎学、病理学、药理学、病理生理学、临床生物化学等5门重庆市精品课程进行建设，取得了显著成绩。

中心发展经历了以下三个阶段：

1997年～2003年为改革起步阶段：1997年基础医学院将生理学、病理生理学和药理学三个教学实验室进行合并，对实验教学内容进行有机整合，并建立了“机能学实验室”，1999年发展为“机能学实验中心”。2000年学院下设的“人体解剖学实验室”、“机能学实验室”、“普通生物学实验室”、“组织胚胎学实验室”、“病理学实验室”、“医用物理学实验室”、“生物化学实验室”、“医用化学实验室”、“病原生物学实验室”全部通过重庆市高校基础课教学实验室评估，授予重庆市高校实验教学合格实验室。2001年《基础医学实验教学改革与实验室建设》项目获重庆市人民政府教学改革一等奖，2003年通过国家教育部本科教学评估。

2004-2006年为稳步发展阶段： 2004年我校开始从实验教学体系上进行更加深入的改革，打破传统的基础医学实验教学模式，注重整合、共享、独立设置实验课程。其间，将“普通生物学实验室”、“组织胚胎学实验室”、“病理学实验室”进行整合成立了“形态学实验教学中心”，“生物化学实验室”和“分子生物学实验室”合并建立了“生物化学与分子生物学实验教学中心”。2004年4月，基础医学院将以上实验室和原有的“机能学实验室”、“人体解剖学实验室”和“微生物与免疫学实验室”进一步整合，正式成立由基础医学院直属的“基础医学实验教学中心”，实验室独立于各教研室进行实验课教学。该项目获得中央与地方共建高等学校专项基金、重庆市财政部门的资金以及重庆医科大学配套资金支持，购置了先进教学仪器设备，改造了实验室环境，建成了面向全校各层次医学生的现代化实验教学中心。2006年评为重庆医科大学实验教学示范中心。

2007年至今为快速发展阶段：重庆医科大学缙云校区建设过程中，学校领导高度重视实验教学管理体制改革，成立了独立于教务处、设备处的“实验教学管理中心”，下设校院二级管理的“基础医学实验教学中心”、“药学实验教学中心”、“中医药学实验教学中心”、“临床医学基础实验教学中心”和“数字语言实验教学中心”等5大实验教学中心。按照国内一流医科大学的标准对教学实验室进行全新设计施工，并将实验教学全部按照独立教学体系进行建设。学校提出“大基础医学”概念，将全校各院系与基础医学相关的实验室和实验项目充分整合，重点建设“基础医学实验教学中心”。在实验教学体系改革的基础上，将原中心各实验室更名为“人体大体形态学实验室”、“人体显微形态学实验室”、“人体机能学实验室”、“病原生物学与免疫学实验室”、“生物化学与分子生物学实验室”等5个实验室。各实验室的仪器设备、物资和人员实行统一管理，资源共享。2008年，我校基础医学实验教学中心被评为重庆市高等学校实验教学示范中心建设单位。目前，基础医学实验教学中心承担了全校11学院5个系部、41个专业及方向的本科生、研究生等基础医学实验课程的教学内容。近年来在“中心” 完成实验教学的学生人数达4300人/年，平均人学时数达577650人学时/年。

实验中心高度重视综合性和创新性实验项目的开展，强调在项目实施过程中培养学生创新思维、实践动手能力。近年来，由中心教师指导的学生个人或团队多次参加国家大学生“挑战杯”和国家级大学生“数学建模”比赛，获得一、二、三等奖多项，学生个人或团队撰写调研报告，发表研究论文多篇，受到专家的高度评价，充分体现了实验教学中心发挥地作用。