重庆大学本科生院成立于2020年12月31日。这是
重庆大学全面贯彻党的教育方针、落实立德树人根本任务、深入推进“双一流”建设和《重庆大学本科教育2029行动计划》的一项重大举措。重庆大学本科生院是重庆大学本科生教学与管理的机构，兼具管理机构和办学机构两大属性。
本科生院与专业学院形成矩阵式结构，一年级学生在选择专业时摆脱了学术性系科的束缚，可以更加自由地选择专业，并增加竞争性，促使专业的内涵建设和优化调整，学生可以从多个院系选择课程，形成跨学科专业和以问题为中心的学习。
新生将按照“大类招生、大类培养、大类管理”原则，按相应大类进入理科试验班(数学与物理类)、工科试验班(环化与健康类)、工科试验班(工程与能源类)、工科试验班(电气与信息类)、工科试验班(管理与经济类)、人文科学试验班(法学与新闻类)六个大类班级学习，接受广义的通识教育，学生根据自己的兴趣和特长，主要选择数学、物理、化学、文学、哲学、生物、外语等基础课程以及思政、体育、劳育等必修课程。完成大一阶段学习后，结合学生的成绩和专业意向填报进行分流(分流到所在大类里的专业)。
本科生院的成立，将全校承担本科人才培养任务的多个部门集中到单个部门，做到多方协同推进，资源优化整合，责任明确到位，以构建一个科学、高效的本科教育教学管理常设机构，便于整体统筹及推进本科教育教学工作，增强面向教师和学生的教学服务功能。实施大类招生、大类培养和大类管理，有利于开展通识教育，更好地满足学生根据兴趣自主选择专业的意愿，同时也促使专业院系更好地加强专业建设；更为重要的是，本科生院将为构建“多元化、多维度、个性化”的本科人才培养体系，以及通识教育、专业教育、创新创业教育三者的有机融合打下坚实的基础。
本科生院兼具管理机构和办学机构两大属性。其主要职责是：本科教学运行与日常教学事务管理，本科教育改革、研究与发展，本科生招生与宣传，本科生学籍管理、学业指导与发展，本科生思政教育与素质拓展，本科教学条件保障与质量监控，教师教学发展与能力提升，大学生创新创业，拔尖创新人才特殊培养等工作。
本科生院实行科学的决策机制，以“院务委员会”（党政联席会议）为最高决策机构，“教学指导专门委员会”“学生素质发展工作委员会”“教学督导委员会”等专项工作委员会是院务委员会的咨询及执行监督机构，承担相关制度的决策和监督。
重庆大学本科生院还将深化创新创业教育，通过校企合作和校地合作，以新工科建设为目标打造一流的学生创新中心，探索新工科拔尖人才培养模式，组建未来技术学院，成立学生交叉创新中心。