重庆市人民检察院第三分院是重庆市人民检察院的下属机构，曾荣获重庆市工人先锋号。
内设机构
1. 检察一部：负责危害国家安全、危害公共安全、扰乱公共秩序、侵犯公民人身民主权利、侵犯财产和危害国防利益犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、立案监督、侦查活动监督和审判监督等刑事检察工作；负责社会治安综合治理和相应案件的司法救助工作。
2. 检察二部：负责贪污贿赂、渎职、破坏社会主义市场经济秩序、妨害社会管理秩序（扰乱公共秩序犯罪案件除外）犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、立案监督、侦查活动监督和审判监督等刑事检察工作；负责“两法衔接”和相应案件的司法救助工作。
3. 检察三部：负责公益诉讼案件办理工作。
4. 检察四部：负责民事行政诉讼监督、民事行政执行活动监督、行政赔偿诉讼监督、对法院赔偿委员会作出的民事行政诉讼赔偿决定的监督和民事行政诉讼监督中的司法救助等工作。
5. 检察五部：负责刑罚执行监督、监管活动监督、刑事强制措施执行监督和强制医疗执行监督等工作。
6. 检察六部：负责涉及未成年人案件的刑事、民事行政诉讼、刑事执行等检察工作。
7. 检察七部：负责案件管理、法律政策研究、人民监督工作以及控告申诉举报事项受理、刑事申诉案件办理、国家赔偿案件办理、刑事赔偿监督等工作；办理就法律适用存在重大分歧的请示案件等。
8. 办公室：处理检察政务，组织协调重要工作部署、决策的贯彻实施；负责有关文件起草，编发信息、简报；管理秘书事务、处理机要文电；负责档案管理、保密工作等。
9. 政治部：负责机关党建和队建工作；负责机构编制、检察官等级、检察辅助人员等级、专业技术职称、表彰奖励等方面的工作；负责干部人事管理方面有关工作；负责干部教育培训工作；负责宣传工作；负责离退休干部的服务、管理工作。下设干部人事室和宣传教育室。
10. 检察业务保障部：负责检察技术、司法警察管理等工作。
11. 检察事务保障部：负责后勤服务、计划财务装备等工作。
12. 检务督察部：负责对本院及辖区基层院执行法律、法规和上级院的规定、决定情况进行督察。
机关党委 按有关规定设置，牵头负责党建工作。
现任领导
党组副书记、副检察长：陈飞宇
党组成员、副检察长：蒋春晓
副检察长：张强
副检察长、检察委员会委员、检察员：欧伟
检查员：徐建磊
所获荣誉
曾先后荣获重庆市文明单位、重庆市爱国卫生先进单位、全市检察机关文化建设示范院、全国检察机关文明接待室等荣誉。近五年来，共有43件案件入选最高检、全市检察机关指导性案例、典型案例，获得国家、市级表彰奖励集体32项、个人73人次。
2016年以来，分院党组在深入调研的基础上，提出了“转观念、转作风、转方式，强素质、强管理、强质效”的工作思路，以争创直辖市先进分院为目标，突出司法办案，全面履行检察职能，着力在工作的质量、效果、影响上下功夫，各项检察工作取得新进展。
2021年6月25日，重庆市人民检察院第三分院检察二部党支部被表彰为“市直机关先进基层党组织”。
2022年4月，重庆市人民检察院第三分院检察二部获得“重庆市工人先锋号”荣誉称号。