重庆市北碚区卫生局是根据《重庆市北碚区人民政府办公室关于印发重庆市北碚区卫生局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（北碚府办发[2010]76号），设立的机构，为区政府工作部门。
机构职责
（一）推进全区医药卫生体制改革。拟定全区卫生工作规划性文件、全区卫生发展规划并组织实施。
（二）统筹规划与协调全区卫生资源配置。
（三）承担食品安全综合协调，组织查处食品安全重大事故的责任，统一发布重大食品安全信息。指导规范卫生行政执法工作，按照职责分工负责职业卫生、传染病防治、放射卫生、环境卫生、学习卫生、公共场所和饮用水的卫生安全监督管理。负责卫生行政复议和对卫生执法的监督。负责组织协调卫生行政诉讼工作。
（四）负责实施全区国家基本药物制度和医疗机构内部药事工作的监督管理。
（五）拟定农村卫生、处级卫生保健、社区卫生、妇幼保健和健康教育等有关政策措施、发展规划并指导实施。规划并指导社区卫生服务体系建设，负责妇幼保健的综合管理和监督。
（六）负责全区医疗机构医疗服务的行业监督管理，执行医疗机构医疗服务、技术、医疗质量和采供血机构管理的政策、规范、标准，组织实施医疗卫生职业道德规范，建立医疗机构医疗服务评价和监督体系。负责医疗急救和重大突发性事件人员伤亡的紧急医疗救护的组织指挥工作，负责重大活动医疗保障工作。承担全区干部保健工作。
（七）负责全区医药卫生科技工作，组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。指导管理行业协会和专业协会。
（八）负责中医药管理工作，制定全区中医、中西医结合医疗发展规划和政策措施，协调有关部门共同发展全区中医药事业。
（九）负责卫生应急工作，拟定区域卫生应急预案，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处理。发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（十）负责组织实施公共卫生法律法规，制定全区公共卫生管理制度并组织实施。
（十一）负责疾病预防控制工作，制定全区重大疾病防治规划，拟定全区免疫规划及方案，协调有关部门对重大疾病实施防控与干预。承担区防治艾滋病工作委员会的具体工作。
（十二）指导卫生人才队伍建设工作，组织拟定全区卫生人才发展规划，组织实施卫生技术人员资格认定工作。
（十三）负责区干部保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作，按照规定负责有关干部的医疗管理工作。
（十四）承担区爱国卫生运动委员会的具体工作。
（十五）承办区委、区政府交办的其他事项。
历史沿革
根据《重庆市北碚区人民政府办公室关于印发重庆市北碚区卫生局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（北碚府办发[[[]]2010[]]76号），设立重庆市北碚区卫生局，为区政府工作部门。对原机构职责进行以下调整：
（一）划入区食品药品监督管理局承担的综合协调食品安全、组织查处食品安全重大事故的职责。
（二）划入原区爱国卫生运动委员会办公室职责。
（三）将食品卫生许可、餐饮业、食堂等餐饮服务环节的食品安监管，保健食品、化妆品卫生监督职责划给区食品药品监督管理局。
（四）将工矿商贸作业场所（煤矿作业场所除外）职业卫生监督检查划给区安监局。
（五）新增突发公共卫生事件预防控制与应急处置职责。
（六）新增基本药物制度管理职责。
（七）加强食品安全综合监督职责，加强对医疗服务、公立医疗机构的监督管理。
（八）加强重大活动医疗保障工作职责。
（九）深化医药卫生体制改革。坚持公共医疗卫生的公益性质，坚持预防为主，以农村为重点，中西医并重的方针，坚持为人民健康服务的方向。