重庆市巴南区环境保护局是主管重庆市巴南地区环境保护工作的职能部门，主要负责拟订区环境保护规划和计划。
职能调整
划出职能
（1）制定环境保护产业政策和发展规划的职能交给区经济委员会承担，区环境保护局参与有关工作。
（2）制定并组织实施生态环境保护和建设规划、计划职能交给区发展计划委员会承担，区环境保护局负责监督。
划入职能
区农牧渔业局承担的农村环境保护职能。
增加职能
（1）核安全监督管理职能。
（2）生物技术环境安全职能。
（3）组织协调环境保护国际条约在本区的履约活动。
（4）区人民政府批准的立项的建设项目环境保护审批职能。
转变职能
（1）强化环境保护规划、计划、规章的制定，建立健全环境管理制度的执行职能。
（2）将原局属事业单位承担的环境目标责任考核、城市环境综合整治及定量考核职能划归局机关。
主要职责
根据以上职能调整，重庆市巴南区环境保护局的主要职责是：
1、贯彻执行国家关于环境保护的方针、政策和法律、法规，根据职责和授权拟定有关法规的贯彻实施意见。
2、拟定环境保护规划；组织拟定并监督实施本区流域污染防治规划；负责生态环境保护规划实施过程中的监督管理；组织实施环境功能区划。
3、组织对本区重大经济和技术政策、发展规划及重大经济开发计划等进行环境影响评价；监督对环境有影响的建设项目及资源开发项目执行环境影响评价制度和“三同时”制度；负责对进入本区的污染治理企业的资质审查。
4、执行排污费收费制度，负责排污费的收缴、管理和使用；监督和实施排污申报制度、排污许可证制度和限期治理制度，组织推行污染物集中控制；对废气、废水、固体废物、粉尘、噪声、振动等污染防治和生态环境保护实施统一监督管理。
5、对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、生态环境建设和生态破坏恢复工作进行监督，并对生态环境管理提出政策建议；负责城市生态环境保护和三峡库区水环境保护工作；监督检查辖区内自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；监督生物多样性保护、野生动植物保护；负责农村环境保护；指导生态示范区和生态农业建设。
6、负责核安全、辐射环境、放射性废物管理工作，对电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作实行统一监督管理。
7、组织实施环境保护目标责任制；归口管理城市环境综合整治及其定量考核工作；开展环境保护模范城区创建工作和环境保护统计工作。
8、组织调查和处理本区环境污染事故和生态破坏事件；组织开展环境保护执法检查活动；负责全区环境保护行政稽查。
9、负责全区环境信息系统的建设和管理；组织开展环境调查和环境监测工作；组织编报本区环境质量报告书和工业污染源状况报告；发布本区环境状况公报和环境统计公报。
10、组织开展环境保护的宣传教育活动，推动公众和非政府组织参与环境保护。
11、组织环境保护国际条约在本区的履约活动和环境保护利用外资的有关工作。
12、指导和协调各镇街、各单位（园区）的环境保护工作。
13、承办区委、区政府交办的其他事项。