重庆市微生物学会成立于1952年。在重庆市科协的领导下，由我国著名的微生物学家王良发起，经过第七军医大学（第三军医大学前身）、重庆市卡介苗研究所和市
卫生防疫站三个单位的微生物学教学科研人员的精心筹备，召开了重庆市微生物学会成立大会暨第一次会员代表大会。
此后，学会一直挂靠在
第三军医大学。在这两届理事长的领导下，学会组织健全，初具规模，学术活动频繁。在1965年至1975年期间，由于受
文化大革命的影响，学会组织瘫痪，没有开展学术活动。
1987年1月学会召开第五届会员代表大会，选举产生了20人的理事会，朱锡华再连任理事长，李树华连任副理事长、张国政也被选为副理事长，朱德钟为秘书长。第6次会员代表大会于1993年5月在
重庆医科大学召开，出席大会的代表有80人，选举了17人组成的理事会，俞树荣为理事长，张国政、胡宏为副理事长，汪正清为秘书长。学会下设医学、工业、农业三个专业委员会。近15年中，在历届理事会领导下学会不断发展壮大，凝聚全市微生物学、免疫学和寄生虫学的教学科研人员，开展了一系列高水平的学术活动。
1997年重庆市成为直辖市后，重庆市微生物学会与
四川省微生物学会从组织上完全分开。在俞树荣理事长为首的理事会领导下，学会承办了多次全国性的微生物学学术会议，定期组织学术年会，开展一系列科普宣传咨询活动和为民服务，发展了一大批从事微生物学工作的教学和科技人员加入学会，为微生物学会的新老交替做出了贡献。
第7次会员代表大会于1998年12月在
第三军医大学召开，这是重庆直辖之后，我市微生物学会贯彻落实党的十五大精神，推动微生物学教学科研全面迈向二十一世纪的一次盛会。出席大会的代表有120人，选举了27人组成理事会， 胡福泉教授为理事长，胡宏 教授、汪正清教授、 周泽杨教授和王豫林 教授当选为副理事长，汪正清 教授兼任秘书长。学会增设了畜牧兽医专业委员会。第七届理事会的理事中，45岁以下15名，占56%，具有高级职称的25名，占93%。平均年龄46岁。目前我会有会员近400人，分布在全市58个单位。2001年重庆微生物学会再次通过
重庆市民政局的重新登记。
在过去的50年中，本会在市民政局和市科协的领导下，在学会挂靠单位第三军医大学的关心和支持下，在历届理事会的领导下，全体会员共同努力，沿着党的正确路线，坚持邓小平建设有中国特色的社会主义理论，围绕党的中心工作积极开展各项学会活动和工作，充分发挥学会在促进我市
社会主义物质文明和精神文明建设中的纽带和重要社会力量的作用。
改革和加强学会自身建设，坚持学会宗旨，实施“科教兴渝”战略，不断更新观念，探索学会发展的新途径，贯彻科学技术面向经济建设的方针，组织了多种形式的国内、市内学术活动。我会自始自终把开展市内外、国内外学术活动放在各项工作的首位，通过学术活动推动微生物学的发展。
50年来，我们坚持不懈地开展了多层次多形式的学术交流活动，促进了学术水平的提高；开展继续教育，提高会员自身素质；积极发展新会员，加强学会自身建设，增强学会的凝聚力；
充分发挥各自专业知识和技术的优势，面向社会，面向经济建设，积极开展科技咨询服务，举办训练班和科普宣传，增强学会活力，为普及现代微生物学科学技术和促进我市国民经济发展作出了较大的贡献。