重庆市畜牧科学院（ChongQing Academy of Animal Sciences）系公益一类畜牧科研事业单位。

重庆市畜牧科学院始建至今，经历了14次更名，9次变更行政隶属关系。

研究院前身为“川东荣昌种畜场”，建于1951年元月，属川东行署农林厅领导，负责人甘文定、谢瑞徵。后更名为“川东荣昌种猪场”。

1953年3月14日，更名为“四川省荣昌种猪试验场”，属四川省农林厅领导，负责人孙玉堂、黄谷诚。1954年1月14日与荣昌县农场合并，同年4月更名为“四川省农牧试验场”，属四川省农业厅领导，由江津专署代管，场长吴登洪，副场长朱允钧。

1955年2月，更名为“四川省荣昌农牧试验站”，站长吴登洪，副站长朱允钧、管昌群。

1957年3月31日，与荣昌县农场分开，与江津地区种猪场合并，更名为“四川省荣昌种猪试验站”，业务关系属荣昌县人民政府领导，站长张富志，副站长吴登洪、景奇峰。

1959年9月1日，更名为“四川省农业厅种猪试验站”，属四川省农业厅领导。1960年9月至1963年，站长张富志，景奇峰、刘昌谟、周宗汉；1964年至1966年4月，副站长刘星伍。

1966年4月，与荣昌畜牧兽医学校合并，更名为“四川省荣昌畜牧兽医学校农牧场”，刘星伍为负责人。1970年初与畜牧兽医学校分开，恢复“四川省荣昌种猪试验站”名称，属四川省农业厅领导。

1971年，改属四川省农业科学院领导，更名为‘四川省农科院种猪试验站”，陈德贵任“革委会”主任，刘星伍、唐学光任副主任。

1980年初，改属四川省畜牧局领导，更名为“四川省种猪试验站”，站长邓顺珍（兼党委书记），副站长陈德贵、郑敏书。

1984年6月，经四川省体改委、省编委批准，将原种猪试验站更名为“四川省养猪研究所”，隶属关系不变。1984年至1988年期间，所长明再勉，副所长陈德贵、谭明万，书记邓顺珍；1988年至1997年所长谭明万，副所长邓吉辉、曾代勤、张镜生、范首君、刘作华，书记先后由邓顺珍、郑敏书、涂邦军担任。

1997年6月由，四川划转重庆直辖市，更名为“重庆市养猪科学研究院”，隶属重庆市农业局，同年11月7日，范首君任常务副院长，涂邦军任书记，曾代勤、张镜生、刘作华任副院长，邹胜华任纪委书记；1998年7月6日，刘作华任院长，范首君任党委书记兼常务副院长，曾代勤、张镜生、杨良惠任副院长，邹胜华任纪委书记。

2003年5月，由重庆市机构编制委员会以渝编[2003]73号文批复，由原重庆市养猪科学研究院、重庆市畜牧兽医科学研究所、重庆市种猪场三单位合并组建成重庆市畜牧科学研究院，是属重庆市农业局管理、财政全额拨款的副局级事业单位。畜科院总部设在位于荣昌县城区的原养猪院，重庆市沙坪坝区石桥铺原畜科所设置为畜科院B区。

2006年10月，由重庆市农业局渝农发[2006]660号文批复，更名为重庆市畜牧科学院。

2025年4月3日，重庆市畜牧科学院巫溪分院正式成立。

重庆市畜牧科学院建有国家生猪技术创新中心、动物转基因国际联合研究中心、动物环境与福利化养殖国际研究中心、猪品种遗传改良国家地方联合工程实验室、农业农村部养猪科学重点实验室、人社部博士后科研工作站等公共研发平台和试验基地等76个。现有养猪、动物营养、经济动物、食品加工、草食牲畜、家禽、兽医、畜牧工程、蚕业、畜禽疫病与兽药等12个研究所，与地方政府联合组建了17个分院（所）和4个研发机构。

研究所：重庆市养猪科学研究所，重庆市畜牧科学院草食牲畜研究所，重庆市畜牧科学院兽医兽药研究所，重庆市畜牧科学院动物营养研究所，重庆市畜牧科学院经济动物研究所，重庆市畜牧科学院畜牧工程研究所，重庆市畜牧科学院食品加工研究所，重庆市畜牧科学院家禽研究所，重庆市畜牧科学院生物工程研究所，重庆市畜牧科学院蚕业研究所、重庆市畜牧科学院草业研究所，重庆市畜牧科学院畜牧大数据研究所。

分院：重庆市畜牧科学院武隆分院，重庆市畜牧科学院南川分院，重庆市畜牧科学院三峡分院，重庆市畜牧科学院酉阳分院等。

重点实验室：农业农村部养猪科学重点实验室。

国家级科技企业孵化器：科技部授牌的首批农业星创天地“重牧硅谷”。

其他：重庆市畜牧科学院博士后科研工作站，重庆市育种猪场，农业部种猪质量监督检验测试中心（重庆），重庆市养猪工程技术研究中心。

重庆市畜牧科学院有在职职工500余人，具高中级专业技术职务人员169人，博士67人、硕士146人。拥有新世纪百千万人才工程国家级人选、国务院特殊津贴专家、现代农业产业技术体系岗位科学家、全国农业科研杰出人才等拔尖人才70人次。

“十五”以来获得国家和部、省级科技成果奖134项，发表学术论文2500余篇，出版专著125部，授权专利333项，获得专有产品证书148个。

重庆市畜牧科学院设有办公室、组织人事处、财务处、科技管理处、科技成果转化处、后勤保障处、产业管理处、发展改革处、监察审计处、培训交流中心等综合处室。

重庆市畜牧科学院拥有实验室20000余平方米，试验基地5000多亩。实验仪器2100台套。建有国家生猪技术创新中心、动物转基因国际联合研究中心、动物环境与福利化养殖国际研究中心、猪品种遗传改良国家地方联合工程实验室、农业农村部养猪科学重点实验室、人社部博士后科研工作站等公共研发平台和试验基地等76个。

全国文明单位、科技部国际科技合作基地、全国科普教育基地、全国科技特派员先进集体。