重庆市畜牧科学院兽医研究所于2005年11月批准成立，其前身为研究院（所）兽医研究室，创建于1978年。

1、兽医：开展畜禽疫病诊断与防制技术研究，重点研究威胁畜牧业生产的重大疫病诊断与防控技术以及人畜共患的重大疫病防控技术。

2、兽药：开展新兽药新制剂的研究与开发，重点进行中兽药、微生态制剂、防御素和抗菌肽的研究与开发。承担新兽药临床药效试验，为兽药生产企业提供新产品与技术服务。

3、生物技术工程：主要开展基因工程疫苗与诊断试剂盒的研制。

4、畜禽养殖环境无害化处理：主要开展生物无害化处理技术研究。

1、开展猪的重大疫病净化技术、疫病免疫程序及防治规范研究。

2、多种畜禽疾病的病原学、流行病学、发病机理、诊断、免疫和防治技术研究。

3、动物重大疫病的生物工程疫苗研究与开发。

4、开展产能、降解纤维素微生物的分离鉴定与发酵工艺的优化研究。

自研究所成立以来，共承担了近20项与动物疫病有关的国家和地方科研项目。

其中承担 “十一五”国家科技支撑“荣昌猪品种资源开发关键技术研究与产业化示范”中“荣昌猪健康养殖生物安全控制技术研究与示范”子课题 和“中兽药现代化技术研究与开发”中“防治畜禽病毒病中兽药的研制与开发”子课题以及“重大动物源性人兽共患病防控技术研究与应用”中“猪流感的流行病学的调查与遗传变异规律” 子课题等 3个国家级项目。

《猪用中草药多功能饲料添加剂研究》于2007年5月获得国家知识产权局颁发授权专利1项，并获得重庆市2007年度技术发明三等奖。

已出版《新猪病诊断与防治》、《新禽病诊断与防治》等2部专著，编撰《养殖专家答疑丛书》7部。

在专业和中文核心刊物发表学术论近百篇，其中SCI收录学术论文多篇。