宽平元年（889），长寿入住此寺，设座主职。后来此寺与京都之东寺发生争执，遂由东寺之观贤兼任座主职。此后，此寺即受东寺支配，势力逐渐衰退。至
宽治四年（1090），
明算任
高野山检校，此寺始恢复昔日盛况。
天承元年（1131），觉鍐（1095～1143）于
高野山建大传法院，后任此寺及大传法院两寺座主之职，致使两寺发生
纷争。
保延六年（1140），此寺寺众攻击大传法院，觉鍐逃至根来（那贺郡），而成为
真言宗新义派之祖。
天正九年（1581），此寺不服
织田信长之命，遂受大军攻打。天正十三年（1585），
丰臣秀吉伐
根来寺，欲乘势攻打此寺，木食应其之奔波游说，始得解围。由于秀吉甚为赏识应其的才德，乃捐寺地与应其。秀吉又为生母（青岩贞松禅尼）祈福，乃于
高野山内建
青岩寺。
天保十四年（1843），此寺遭火烧毁。
明治元年（1868），改
青岩寺为金刚峰寺。六年，此寺与东寺共为古义
真言宗总本山。三十三年，此寺独立称高野派，并置管长。
大正十四年（1925），高野、御室及大觉寺三派联合以金刚峰寺为古义
真言宗之总本山。