两个站舍之间的结构差异是5号线站舍的地下2楼,与9号线、机场铁道站舍的地下2楼位于同一方向。连结通道位于收费区外,5号线地下2楼与9号线、机场铁道地下1楼一处;收费区内5号线上下行线站台与9号线、机场铁道地下2楼候车室、地下3楼站台两处,合共三处。此站5号线站台设有站台伸缩踏板。5号线站台是曲线,站台与列车之间的间隙较大,上下车时需注意。
站台由KORAIL机场铁道与9号线共用。2层构造,地下3楼为岛式1面2线与侧式1面1线、地下4楼为岛式1面2线,合计3面5线。机场铁道往首尔方向、9号线中央报勋医院方向,使用地下3楼的站台。机场铁道往仁川国际机场方向、9号线开花方向,使用地下4楼的站台。所有站台都设有屏蔽门。
9号线与机场铁道预定会进行贯通运营,并在车站内设有联络线。9号线是直流电而机场铁道是交流电,此联络线因而设有分相区。然而,9号线是右侧通行、机场铁道却是左侧通行。因此车站是2层构造并进行交差,以便顺利直通。
陵谷站(S12) —金浦机场站(S13) ―远宗站(S14)