藻体为单细胞、群体和分枝丝状体。多数种类的藻体无细胞壁，具眼点、有鞭毛，能运动；载色体黄绿色、金黄色或褐色；储藏物质为金藻糖( chrysose)或脂滴。细胞有I蜘蜡，壁常为套合的两半；主要以细胞分裂、群体断裂成片等方式进行繁殖；多分布于淡水，一般在温度低、有机质含量少、微酸性水体中生长较多。

色素体金褐色、黄褐色或黄绿色，同化产物为白糖素及脂肪，大多数运动的种类和繁殖细胞具鞭毛2条，1条或3条的很少，静孢子的壁硅质化，由2片构成，顶端开一小孔。

1.多为单细胞或群体，少数为丝状体，多数种类具鞭毛，能运动。鞭毛两条，等长或不等长；一条或三条的很少。

2.细胞裸露或在表质上具有硅质化鳞片、小刺或囊壳。大多数种类为裸露的运动细胞，在保存液中会失去几乎所有细胞特征。

3.色素除叶绿素a、c、b-胡萝卜素和叶黄素等以外，还有副色素，这些副色素总称为金藻素Pycockysin。金藻的色素体仅一个或二个，片状，侧生。贮存物质为白糖素和油滴。白糖素呈光亮而不透明的球体，称白糖体，常位于细胞后部。细胞核一个。液胞一个或两个，位于鞭毛的基部。

4.单细胞种类的繁殖，常为细胞纵分成二个子细胞群体以群体断裂成二个或更多的小片，每个段片长成一个新的群体，或以细胞从群体中脱离而发育成一新群体。不能运动的种类产生动孢子，有的可产生内壁孢子（静孢子）Statospore，这是金藻特有的生殖细胞，细胞球形或椭圆形，具二片硅质的壁，顶端开一小孔，孔口有一明显胶塞。

1.鞭毛：多数金藻为裸露的运动个体，具二条鞭毛，个别具一条或三条鞭毛。具鞭毛的种类， 鞭毛基部有1－2个伸缩泡。

2.无细胞壁：多数金藻为裸露的运动个体，无细胞壁。有些种类在表质上具有硅质化鳞片，小刺或囊壳。有些种类含有许多硅质、钙质，有的硅质可特化成类似骨骼的构造。

3.色素及色素体：金藻类的光合色素有叶绿素a、c，β－胡萝卜素。　色素体1－2个，片状、侧生。

4.副色素：副色素总称为金藻素(phycochrysin)。由于它的大量存在，使藻体呈金黄色或棕色，当水域中有机物特别丰富时，这些副色素将减少，使藻体呈现绿色。

5.贮存物质：贮存物质为白糖素和脂肪。白糖素又称白糖体，为光亮而不透明的球体，常位于细胞后端。

6.细胞核：细胞核一个。

金藻门的植物体是单细胞、群体或分枝丝状体。有些单细胞和群体的种类，其营养细胞前端有鞭毛，终生能运动。

金藻细胞有的具细胞壁，有的无细胞壁。细胞壁是由原生质体分泌的纤维素和果胶质组成。有细胞壁的种类较少，仅有金球藻目（Chrysisphaerales）和金枝藻目（Phaeothamniales）。无壁的类型中，有的原生质膜裸露，其细胞体可变形；有的种可由原生质体分泌纤维素构成的囊壳，或分泌果胶质的膜，其上镶嵌有硅质的小鳞片。细胞内原生质呈透明的玻璃状，通常有1—2个载色体，少数种为多个。电子显微镜下观察，载色体外有四层膜包围，外边两层是内质网膜，最外层内质网膜与外层核膜相连，里边两层膜是载色体膜；光合片层是由3条类囊体叠成的束。载色体中含有叶绿素a和c、β-胡萝卜素和墨角藻黄素（fucoxanthin）几种叶黄素。叶绿素含量少，胡萝卜素及叶黄素含量较多，因此，载色体呈黄绿色、橙黄色或褐黄色。有些种金藻含有蛋白核，位于载色体内。同化产物是金藻昆布糖（Chrysolaminaran），化学结构为β-1，3-葡聚糖，与褐藻的昆布糖相似。金藻昆布糖贮存于细胞后端囊泡内，因此，又称此囊泡为金藻昆布糖囊泡。此外，金藻还贮存油滴。细胞核1个，位于细胞的前端。细胞分裂是有丝分裂。眼点在细胞前端载色体膜和外层类囊体膜之间，由一层油滴构成。运动型细胞前端具1—2根鞭毛。具两根鞭毛时，其中1根鞭毛较长，伸向前方，为茸鞭型；另1 根较短，稍弯向后方，是尾鞭型。

金藻单细胞运动型的繁殖，常以细胞纵分裂的方式形成两个子细胞；群体运动的种类，常以群体断裂成两个或两个以上的段片，每个段片发育成1个新的群体；有囊壳的种类，原生质体纵裂为两个子细胞，其中一个子细胞游出囊壳，固着于基质上，群体类型则附着于母囊壳边缘，子细胞原生质分泌出纤维素质的新壳；不能运动的种类，以游动孢子进行生殖。游动孢子有1—2条鞭毛。有的金藻可以产生不动孢子（statospore）。形成不动孢子时，细胞停止运动并变圆，在原生质里面先分泌出一层纤维素膜，此膜渐变厚，有二氧化硅堆积而变硬，顶端有1开孔，膜外原生质经孔口移入膜内，孔口由1胶质塞子或二氧化硅化的塞子封闭起来，原生质内积累大量的金藻昆布糖和油。不动孢子可渡过不良环境。有性生殖是同配，仅在少数属中发现。

金藻门仅1纲，约200属，1000种左右。根据从单细胞到丝状体的进化阶段分为5个目：

金胞藻目（Chrysomonadales）、根金藻目（Rhizochrysidales）、金囊藻目（Chrysocapsales）、金球藻目（Chrysosphaerales）、金枝藻目（Phaeothamniales）。金胞藻目（Chrysomonadales）又称金鞭藻目、金藻目。本目包括具鞭毛，能运动的单细胞或群体类型的金藻。鞭毛1-2条，罕有3条，等长或不等长。细胞裸露，无细胞壁，或周质上有微小的硅质鳞片或钙质沉淀，或原生质体外有坚固的囊壳。多为浮游性种类。

金藻在透明度大、温度较低、有机质含量少、pH4—6的微酸性水、含钙质较少的软水中生活。一般在较寒冷的冬季、晚秋和早春等季节生长旺盛。

（合尾藻属）（Synura）

属于金胞藻目。植物体是球形或椭圆形能运动的群体。群体细胞在中央以胶质互相粘附。细胞无壁，有原生质分泌的果胶质膜，膜上镶嵌有硅质小鳞片，小鳞片覆瓦状螺旋排列，鳞片表面有刻纹或硬刺，是种的特征。细胞内有两块载色体，前端有两条不等长鞭毛。细胞分裂时果胶质膜也分裂。黄群藻属约有10种。在小池塘和人工贮水池中生活，于晚秋、早春或冬季可大量出现。

（钟罩藻属）（Dinobryon）

属金胞藻目。植物体单细胞或联成树状群体。细胞着生于纤维素质的钟形囊壳中。细胞内有2载色体，眼点明显，顶端有两条不等长鞭毛，群体运动不灵活。通常进行营养繁殖，有性生殖是同配。

锥囊藻属约有17个种。多数浮游生活于贫营养的淡水中，水中有机质多时就消失，

有的种也生活在酸性泥炭水体中。已知有两个种是海产。

金枝藻属（Phaeothamnion）

属于金枝藻目。植物体为分枝的丝状体，基部有1个细胞特化成半球形固着器，附生于其他藻体上。细胞内有两块色素体，贮存食物为粒状金藻昆布糖。生殖时在细胞内产生1、2、4、8个游动孢子，游动孢子有两条不等长鞭毛。

本属约有3种。在池塘、湖泊和沼泽地等水中，附生于其他藻体上，是稀见淡水藻类，饶钦止教授曾在四川北碚发现过。它是金藻门高级类型的代表植物。

金藻门中常见的还有单鞭金藻属（金光藻属）（Chromulina）和鱼鳞藻属（Mallomonas）。单鞭金藻属植物体单细胞，1根鞭毛，原生质体裸露，有的种可变形。鱼鳞藻属植物体单细胞，无细胞壁，果胶质膜上有硅质小鳞片，呈覆瓦状螺旋排列，每个鳞片上有1硬刺，1根鞭毛，另1根退化。

1.分布特点

金藻多分布淡水水体，生活于透明度较大，温度较低，有机质含量低的水体。对温度 变化灵敏，多在寒冷季节，如早春和晚秋生长旺盛。在水体中多分布于中、下层。

2.饵料价值

浮游金藻没有细胞壁，个体微小，营养丰富，是水生动物很好的天然饵料，有的海产种类已人工培养，是水产经济动物人工育苗期间的重要饵料。

3.颗石虫软泥和化石

钙板金藻、硅鞭金藻死亡后，遗骸沉于海底，可形成颗石虫软泥，有的形成化石，可为地质年代的鉴别提供重要依据。

4.三毛金藻的危害及防治

小三毛金藻为一种害藻，能产生鱼毒素，引起鱼类大量死亡，在我国分布广泛，大连、银川、鸟梁素海、山西南部的咸水湖中，天津的塘沽及陕西皆有报道。此外，在海洋中也可形成赤潮，给渔业造成危害。

在21世纪前，人们将金藻门列入动物界原生动物门。本世纪初，发现了具有典型植物性细胞壁构造的金球藻类和金枝藻类，其原生质体和生殖细胞的构造与具鞭毛的金藻类相同，从而将它们置于一个纲中，并将它们从动物界移到植物界。

金藻门的起源问题没有解决，由于发现了原绿藻，人们推论金藻可能由原核的，具叶绿素a和c的藻类进化而来。藻类学家们还认为金藻门和黄藻门有密切的亲缘关系，因为两者在鞭毛、细胞壁及色素等方面相似。