钟山书院位于
上元县城（今
南京市秦淮区太平南路，原白下会堂和原白下区职工业余学校一带），是清朝时期南京最重要的书院之一。
清朝乾隆元年（1736年）总督尹维善勒石《白鹿洞规条》和《分年读书法》于讲堂，院长杨绳武定规约10条，强调立志立品，勤学读书，穷经通史，戒抄袭请代和矜夸异毁，为之辩论古文源流和诗赋派别，判明制义得失。
清朝乾隆四十六年（1781年），总督萨载定书院规条，院长钱大昕定条约，师长由督抚学政延聘，生徒系由道员稽查，州县择选，市政使等再加考验，方准入学肄业。乾隆时院内生徒已达数百人，分内课、外课、附课三类，外籍者有本学学官印文可附试，并拨给驻防八旗子弟名额，附课无额，后无论本省、外省士子均可肄业，规模甚大。每月官师课各一次，逢科举年，一月三次，官一师二，每试扃门，有午饭，肉一方，蔬一盂。课程初以科举诗文为主，乾、嘉、道间主讲者多欲改之。卢文弨两主院事，历时十年，《钟山札记》即其在书院校勘所积，又曾精选少年新生四五人专习古文，不课时文，以图其潜心于经学，未果。钱大昕掌教四年，教士以通经读史为先，《廿二史考异》即在此写成。姚鼐自乾隆五十五年（1790年）起先后掌教主讲二十年，嘉庆二十年（1815年）老死于钟山，以古文义法教生徒，门弟子知名者甚众。其后朱珔每月立小课以经解诗赋试士，胡培翠倡导实学，唐鉴倡程朱之学，风格各异，然成就皆卓。
清朝道光九年（1829年）布政使贺长龄筹款新建院中斋舍，为书院课艺集作序，勉励诸生“毋以文视文，而反之于心，必求其有得”，出所编《皇朝经世文编》以教士。咸丰间曾国藩借地重开，“堂庑斋舍之制十不逮一”。
清朝光绪七年（1881年）总督刘坤一“乃规旧址廓而新之”，清末改为
江南高等学堂。同光间主讲著闻者还有李联琇、梁鼎芬、缪荃荪等。
钟山书院藏书丰富，创办之初就有藏书，当时督宪颁给《易经》、《春秋》、《册府元龟》等书籍31种119套。后来乾隆皇帝游江南时，又赐钟山书院武英殿刻印本《十三经》、《二十二史》各一部。除御赐外，公卿大夫、以方官吏也时有赠书。钟山书院藏书的保管与流通有章法。据《钟山书院志》记载：存书的杉木大书橱“安顿内厅堂上，每乘书橱大锁一把，钥匙交副掌教收执。如岁暮及新年时节，副掌教归任，将钥匙送江宁府谨收，不许疏失。平时院内师生要看，须另册注明，以免遗散。”严格的管理，使藏书得以长期保存。钟山书院历任山长有杨绳武、夏之容、卢文弨、钱大昕、姚鼐、胡培翚、陶澍、唐鉴、李联琇、梁鼎芬、缪荃孙等，他们大多为学者型藏书家，对书院藏书有独到贡献，书院藏书也成为他们著书立说的便利条件。如校勘学家、藏书家卢文弨，两度任钟山书院山长，他的《钟山札记》就是在主讲钟山书院时校甚群经所成。后继山长钱大昕是考据学家、藏书家，他的《廿二史考异》，也是利用钟山书院藏书和私人藏书才得以完成。