钱江源-百山祖国家公园地处浙江省西南部，面积约754平方公里，分为钱江源和百山祖两个园区。范围涉及浙江省衢州市、丽水市2个设区市，开化县、龙泉市、庆元县、景宁县4个县（市），园区是钱塘江、瓯江、闽江的源头，是浙闽的重要水源之地。百山祖包括长三角的最高峰，诸多山体从这里发育。

2015年1月，国家发展改革委等13部委共同印发了《建立国家公园体制试点方案》，将钱江源区域列为国家公园体制试点区之一。

2016年6月，《钱江源国家公园体制试点区试点实施方案》获正式批复。

2019年6-8月，浙江省人民政府提出“一园两区”国家公园创建路径，并印发了《钱江源-百山祖国家公园总体规划（2020—2025年）》。

2019年7月由浙江省政府垂直管理、省林业局代管、省一级财政预算单位的钱江源国家公园管理局挂牌成立。

2020年1月，国家公园管理局发函同意丽水凤阳山-百山祖等区域按“一园两区”思路与钱江源国家公园体制试点区整合为一个国家公园（钱江源－百山祖国家公园）。

2020年8月，浙江省委编委批复同意设立钱江源—百山祖国家公园百山祖管理局。

2020年8月9日上午，《钱江源—百山祖国家公园总体规划(2020-2025)》评审会在杭州召开。专家对《总体规划》进行了研讨，提出建设性修改完善意见并一致同意通过评审。

2022年1月，钱江源-百山祖国家公园符合性认定报告、社会影响评估报告、设立方案等三项国家公园设立技术报告通过专家评审并报送。1月13日，由规划院编制的《钱江源-百山祖国家公园设立方案》《钱江源-百山祖国家公园符合性认定报告》《设立钱江源-百山祖国家公园社会影响评估报告》三项国家公园设立技术报告（简称“技术报告”）通过专家评审。

2022年3月，全国政协委员、中国文联副主席、浙江省文联主席的许江将“尽快设立钱江源-百山祖国家公园”的建议带到了全国两会。

2023年2月，钱江源—百山祖国家公园百山祖园区正式获得“中国生物圈保护区网络(CBRN)成员证书”。百山祖园区的加入，标志着钱江源—百山祖国家公园整体加入中国生物圈保护区网络。

2023年4月，钱江源-百山祖国家公园自然资源资产清查试点工作通过自然资源部和浙江省两级联合组成的专家组验收，这是在自然资源部权益司的指导下，浙江省率先在钱江源-百山祖国家公园开展国家公园展开的自然资源资产清查试点，为全国开展国家公园自然资源资产清查工作提供了借鉴。

整合钱江源、百山祖两个园区共758平方公里，包括古田山国家级自然保护区、浙江凤阳山-百山祖国家级自然保护区等共7个自然保护地及其连接地带，涉及开化、龙泉、庆元、景宁4个县(市)、14个乡镇、常住人口8521人。

钱江源–百山祖国家公园是长三角最具国家代表性、生态系统原真性和完整性的区域。一是长三角地区重要的生态安全屏障。园区是钱塘江的源头，瓯江、闽江的重要源头之一，保存中国东部典型完整的中亚热森林生态系统，垂直带谱完整，分布有罕见、大面积的常绿阔叶林地带性植被。

二是长三角地区珍稀濒危物种的集聚区。国家公园位于国际国内生物多样性保护关键区域，是华东地区重要的物种资源库，野生动植物资源丰富。园区内的世界孑遗植物百山祖冷杉是全球唯一野外分布区，也是黑麂的集中分布区和白颈长尾雉的重要分布区。

三是长三角地区自然和文化遗产聚集地。国家公园内1000米以上山峰1400余座，拥有长三角第一高峰黄茅尖。国家公园内山地垂直植被带与山地景观相交融，是中国山水文化的发源地之一。是青瓷文化和香菇文化的发源地，是从农耕文明到现代文明保存下来的自然文化遗产。所在区域是红色圣地，孕育了浙西南革命精神。

四是长三角地区生态保护之重。《长江三角洲区域一体化发展规划纲要》明确了提升钱江源国家公园建设水平等重点任务。《全国重要生态系统保护和修复重大工程总体规划（2021-2035年）》将钱江源–百山祖国家公园纳入重要生态系统保护修复范围。