寺中的东西双塔为宋代遗构，建造的时间彼此相差十余年，两者的规制基本相同，均为八角五层仿木楼阁式石塔，其中镇国塔(东塔)高48.24米，仁寿塔(西塔)高44.06米，二塔相距约200米，是我国最高的一对石塔。塔每层的门龛两旁有武士、天王、金刚、罗汉等浮雕像。两座塔的基座、梁枋，以及各种门亮、各部位的图案、装饰，均为花岗岩精雕细凿而成。
镇国塔，是唐咸亨年间（670—673年）文偁禅师主持建造的。开始是一座木塔，用来安放佛舍利的，后因遇灾重建，改为石塔。该塔是一座纯用花岗岩石、仿木结构的楼阁式建筑，塔心粗壮结实，用横梁斗拱与外壁相连结，具有极强的抗地震和抗台风能力。全塔造型宏伟壮丽，石雕工艺精湛古朴。壁上所雕的八十尊保护神像，身份、服装、姿态、武器、表情各不相同，个性鲜明突出。须弥座束腰部嵌有三十九幅释迦成佛连续故事图像，每幅主题集中，人物故事刻画细致，引人入胜。是我国宋代石构建筑中的精品，被列为全国重点文物保护单位。
双塔历经风雨侵袭，仍屹然挺立，它是泉州
古城独特的标志和象征，古代石构建筑的瑰宝，也是我国古代建筑史上的一座丰碑，是民族文化与海外文化融合的杰作。