长崎事件也称“镇远骚动”，日方称为“长崎清国水兵事件”。

当时，日本海军省在明治十六年（1883年）编制的造舰预算书，已经于7月完成，日本第一次采用预算形式，来规划未来8年的购造舰计划并参照其严格执行。

1884年12月日本策动所谓的“甲申政变”，试图推翻当时亲清的朝鲜政府，替代清政府而成为朝鲜的保护国。英国为了防止俄国南下威胁其在华利益，于1885年4月占领了朝鲜南端的巨文岛，结果遭到俄国和日本的反对而作罢。日本1700万日元《海军公债证书条例》于1886年6月12日得到天皇批准，15日正式公告。

1886年7月李鸿章接到袁世凯报告，说朝鲜有人谋划联俄防英，而俄国正在觊觎元山口外的永兴湾。面对如此复杂的国际形势，清政府深知一旦朝鲜落入它国必将危及自身安全，于是命令丁汝昌和吴安康分别率领北、南洋水师前往朝鲜的永兴湾一带巡防，借以展示清政府强大的海军实力，制止敌国可能的侵略企图。北洋水师提督丁汝昌、总教习琅威理接到命令后立即率“定远”、“镇远”、“济远”、“威远”、“超勇”、“扬威”等6艘军舰前往朝鲜东海岸海面操演，又奉命前往海参崴，接送当时参加中俄关于吉林东界勘定谈判的清政府官员吴大澄。吴大澄被送至海参崴后，北洋舰队留下“超勇”、“扬威”两舰在海参崴待命。

鉴于铁甲舰在作长途航行后，需回港涂油维护，加上1886年清政府的规划建造的旅顺军港尚未完工，李鸿章遂决定由水师提督丁汝昌率镇远、定远、威远、济远四舰，前往位于日本长崎的三菱造船所进行检修，并展开对日本的“亲善访问”。这也是历史上，中国海军舰队首次访问日本。

8月1日，北洋舰队抵达长崎港。首次目睹来自中国的铁甲巨舰的长崎市民挤满了码头。望着威风凛凛的巨舰上的龙旗飘扬，围观人群的情绪十分复杂，有惊叹的，有羡慕的，也有愤懑的。1886年8月13日，日方邀请抵达长崎的北洋官兵登岸购物。一些水兵却违反军纪，前往当地妓院寻乐且酗酒斗殴，闻讯赶来的警察平息了事端。但多名情绪激动的水兵以待遇不公为由，前往警署继续闹事，将一名日本警察刺成重伤，肇事水兵也受了轻伤并被逮捕。事情发生后，北洋舰队水兵不满日方处理结果，有近400人当即直扑警察局而去，而舰上的12吋巨炮则调转炮口，对准了长崎市区。这下日本可没了脾气，面对坚船利炮，只能乖乖的放人，并承诺道歉赔偿。《长崎快报》对此作了报道，英国驻长崎领事也将事件写进报告。李鸿章承认：“争杀肇自妓楼，约束之疏，万无可辞”，但又说：“弁兵登岸为狭邪游生事，亦系恒情。即为统将约束不严，尚非不可当之重咎，自不必过为急饰也。”在李鸿章看来去妓院寻乐引起的冲突只能算是小事，但事态被扩大，最终酿成了“长崎事件”。

1886年8月15日，李鸿章授意全舰队放假一天，并允许450名水兵自由观光。虽然丁汝昌明令禁止水兵执军械上岸，但据日方记载许多水兵手执棍棒刀器，其中还包括从日本古董店购买的日本刀。由于13日的纠纷所带来的不满，观光很快演变为了械斗。按日本记载，数名水兵伏击并杀死一名警察，但早有防备的数百名警察将水兵分割包围，配合街边市民展开石块攻击。事后统计显示，水兵方面有5人死亡、44人受伤、5人失踪（一说10人死亡）。长崎警察方面被打死5人，30人受伤。长崎市民亦有多人受伤。

事件发生后，北洋水师官兵群情激奋。有记载说，定远等四舰迅速进入临战状态，褪去炮衣，再次将炮口对准了长崎市区。总教习琅威理甚至主张对日开战：“即日行动，置日本海军于不振之地。”当时日本海军才刚刚起步，绝非中国海军的对手。

可是丁汝昌却没有下令开火，丧失了把日本海军“扼杀在摇篮中”的机会。李鸿章得知“长崎事件”后很生气，召见了日本驻天津领事波多野，语带威胁地说：“……开启战端，并非难事。我兵船泊于贵国，舰体、枪炮坚不可摧，随时可以投入战斗。”

1885年11月24日，驻日公使徐承祖致电李鸿章，要求断交撤使。此时中法战争刚结束不久，清廷不愿再度卷入战争漩涡，故未批准此议。1887年2月，中日双方签订协议，对各自的死伤者互给抚恤，日本赔付中国52500元，中国赔付日本15500元，长崎医院的医疗救护费2700元由日方支付。

在日本人看来，外国水兵喝醉了酒来本国滋事，最后竟然要本国赔款，简直就是奇耻大辱。“中国威胁论”迅速成为了日本主流民意；同时“大力发展海军”也成了日本国内从上到下各个阶层的共识；“一定要打败定远”更是作为了日本海军的目标和口号。就连日本小孩最流行的游戏，也是分成两组，一组扮成北洋舰队，另一组扮成日本舰队，游戏主旨就是围攻定远、镇远。

与1886年以前处理外交事件不同的是，清政府对此表现出了相当强硬的态度。北洋水师总教习琅威理甚至提出了对日断交、武力解决的主张。李鸿章的外交顾问伍廷芳，则被认为是在此事的圆满解决上起了关键的作用。

1887年2月，双方达成彼此让步的协议，双方一致认定是语言不通导致了误会的发生，所以肇事者交由本国政府自行处置，而死伤人员则由对方予以抚恤。值得一提的是，日方所支付的抚恤金数额大大超出了清政府。换句话说等于是向中国进行了赔款。

但也有人认为，1886年北洋舰队的实力具有压倒性优势，如在长崎事件中采用琅威理的建议，一挫实力尚在北洋舰队之下的日本舰队，则此事件后中日海军的强弱，必大不相同。

“长崎事件”虽得以和平了结，但在日本民众眼里无疑是一场不亚于任何列强的外交侵略。日本在当时因无法战胜亚洲同为现代化进程中的“第一强国”中国，使得日本朝野的对于殖民扩张的军国主义思想越来越浓厚，从而间接使的日本加强军备扩军。深受刺激的日本海军更是发狠：“一定要打胜‘定远’”。当时日本海军的舰船，也开始针对北洋水师的重型铁甲舰“镇远”、“定远”而重新设计。同时日本政府在国内也大肆进行渲染，使得民间的反华、仇华、排华的情绪高涨。在当时儿童最流行玩的游戏中，扮演北洋海军与日本海军进行海战的游戏比比皆是。”李鸿章将北洋军舰送到日本修理本来就含有威慑的意图，却没想到这一事件竟如此深刻地刺激了日本人的民族心理。

长崎事件中，一个名叫吴大五郎的日本人窃取了一本清军的小字典（一说是截获了清军的电报）。小字典内的汉字排列纵横两侧，并相应标注了0、1、2、3、4、5、6、7、8、9的小数字。日本的电信专家立刻判定，这是中国人电报用的汉字译电本。从译电本中数字的组合方法，明白了中国人制造密码的方法。 到1894年6月22日，日本外相陆奥宗光设圈套，故意将所谓“第一次绝交书”译成汉文，递交给中国驻日公使汪凤藻。次日，汪凤藻向清政府发了一封很长的电文，时任电信课长的佐藤爱麿凭以往的破译经验，结合在长崎事件中获知的制造密电码的方法，仔细对照研究清国密电的内容构造，最终成功破译了中国公使馆的电信密码。由此，日本在甲午战争前夕的外交战以及后来《马关条约》谈判期间，能够快速且顺利掌握清廷决策者的意图，从而使其对付清朝与北洋海军变得得心应手。