长江中游湿地农业教育部工程研究中心成立于2009年12月，依托单位为长江大学。

长江中游湿地农业教育部工程研究中心经教育部批准立项建设，，在湖北省涝渍地工程技术研究中心暨湖北省涝渍灾害与湿地农业重点实验室的基础上，整合学校农科院系相关学科和研究基地资源而组建的科研平台，同时与湖北荆楚种业股份有限公司、荆州市农科院合作共建。在教育部和湖北省教育厅的指导下，工程研究中心建设依靠长江大学的办学条件和学科实力，以长江中游湿地区域为主要研究对象，针对湿地农业区湿地生态破坏严重、湿地作物生产抗灾能力不足、水产优势不强等问题，按照湿地生态工程、湿地作物工程、湿地水产工程三个研究开发方向，重点开展长江中游湿地农业生态结构优化、保护与修复技术，水稻优质多抗高产品种筛选繁育、减灾避灾技术，及以黄鳝、泥鳅等名特水产品为主的鱼类养殖和繁育技术等方面的研究，探讨其发生机理与解决途径，形成相应的工程技术，并示范推广应用于实践。目前在研科研项目（含合作单位4项），其中国际合作及国家级项目15项，经费合计2568万元。

工程研究中心是目前国内第一个以湿地农业为主题的综合性农业研究开发机构，在三个研发方向的研究和成果转化中，取得了具有国内外影响的显著业绩，并积极与企业共建工程化基地与成果转化基地，研发方向各有特色，功能上相互补充，推动长江中游湿地农业未来可持续发展，体现生态、经济、社会效益的统一。