2014年10月01日从农业部获悉，
农业部正式成立长江流域渔政监督管理办公室，进一步加强内陆渔政管理。
据介绍，长江办是我国第一个内陆流域性渔政监督管理机构，也是农业部设立的首个派出行政机构，主要负责黄河流域以南相关流域、重要水域和边境水域的渔政管理、水生生物资源养护等工作，覆盖长江、珠江、雅鲁藏布江、淮河、澜沧江、怒江、闽江、钱塘江等流域和边境水域以及鄱阳湖、洞庭湖、太湖、纳木错湖、巢湖等湖泊，涉及上海、江苏、浙江、安徽、福建、江西、河南、湖北、湖南、广东、广西、海南、重庆、四川、贵州、云南、西藏、陕西、甘肃、青海等20个省区市。
2020年3月5日，农业农村部长江流域渔政监督管理办公室印发了《农业农村部长江流域渔政监督管理办公室2020年工作要点》。文件指出，2020年是全面建成小康社会目标实现之年，也是长江流域重点水域禁捕工作决战之年，做好流域渔政管理和水生生物资源养护工作意义重大。农业农村部长江流域渔政监督管理办公室（简称长江办）将以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻落实中央农村工作会议和中央一号文件精神，按照部党组部署要求，在做好新冠肺炎疫情防控工作的同时，坚决打好长江流域重点水域禁捕攻坚战，统筹推进渔政执法监管、珍稀濒危物种保护和机关党的建设各项工作，为实施乡村振兴战略、助推渔业高质量发展提供支撑保障。
2020年12月16日，农业农村部长江办会同生态环境部长江流域生态环境监督管理局、水利部长江水利委员会、交通运输部长江航务管理局等部门联合发布《长江流域水生生物资源及生境状况公报（2019年）》。
2021年2月7日上午，长江办召开2020年度党员领导干部民主生活会，班子全体成员出席会议。农业农村部巡视组组长陈江凡通过视频方式全程指导，中共上海市市级机关工委行业协会书记、二级巡视员朱祥到会指导。长江办党组书记、主任马毅主持会议。