间接抵免是“直接抵免”的对称。居住国政府对视同本国居民公司间接缴纳的外国所得税所给予的抵免。间接抵免是适用于跨国母子公司之间的税收抵免。

随着跨国公司的迅速发展，这种现象也越来越普遍和严重。因此，母公司所在国对其来自外国子公司股息所承担的外国所得税要给予抵免。但这种抵免毕竟不同于直接抵免，股息承担的外国所得税并不是母公司直接缴纳的，所以只能以“视同母公司间接缴纳”而给予抵免处理，这就是间接抵免的含义。间接抵免所要消除的国际重叠征税是由两个居住国即母子公司各自所在国对其行使居民管辖权征税引起的。这一点和直接抵免不同，直接抵免所要消除的是居住国和收人来源国对同一跨国纳税人行使居民和地域管辖权征税所产生的国际重复征税。间接抵免所允许抵免的税额，即居住国允许其母公司在应缴本国政府的公司所得税额中予以抵免的税额，不应是子公司已缴其居住国的全部税额，而只能是母公司所分股息应承担的那部分税额，为了准确抵免股息所承担的外国所得税，只能计算出股息的还原所得并人母公司应税总所得中，进行征税，然后从其税额中抵免股息所分担的那部分所得税额。间接抵免是在直接抵免的基础上发展起来的，已被许多国家所采用。

但是为了控制抵免范围和防止抵免被滥用，保护母子公司间领导层公司所在居住国的经济利益，许多国家对允许享受间接抵免公司规定了一些严格的限定条件，包括必须拥有其下属外国公司一定比例的股权；必须是其下属公司的积极投资者等。间接抵免按抵免层次不同，可分为一层间接抵免和多层间接抵免。一层间接抵免是指对母公司从其下属的一层附属公司，即子公司取得的股息所承担的外国所得税的抵免。一般来说，多层间接抵免最多不超过三层，超过上述境外三层控股架构的子公司在境外缴纳的所得税税款不得抵免，但石油行业有一些特殊规定。

第一步，股息还原的计算，即把外国子公司支付的股息还原成税前的所得，这是关键的一步。还原的办法就是计算出外国子公司支付的股息所应承担的所得税额，然后再加上股息额，即还原成税前所得。外国子公司支付给母公司的股息应承担的公司所得税额=子公司已纳外国公司所得税×（母公司分得股息÷子公司税后所得），当外国子公司的所得适用比例税率时，也可采用下列简化公式计算：外国子公司支付给母公司的股息应承担的公司所得税额=母公司分得股息÷（1－外国公司所得税率）×外国公司所得税率，外国子公司支付给母公司的股息还原所得=母公司分得股息+母公司分得股息应承担的公司所得税额。

第二步，计算抵免限额，母公司所在国能够给予抵免的最高限度，不能超过按本国税率衡量的所得税额。现公司全部所得=母公司来自其居住国所得+外国子公司支付给母公司的股息还原所得，母公司居住国抵免限额=母公司全部所得×母公司所在国所得税率×（外国子公司支付给母公司的股息还原所得÷母公司全部所得）。

第三步，确定允许抵免额，并计算母公司应纳税额。通过抵免限额与母公司分得股息所承担的所得税额进行比较，取其中数额小者为允许抵免额，在此基础上，计算母公司向其居住国应缴纳的税额。母公司向其居住国缴纳的所得税额=（母公司来自其居住国所得+外国子公司支付给母公司的股息还原所得）×母公司所在国所得税税率－允许抵免的子公司已缴所得税税额，多层间接抵免是指居住国对母公司来自其外国子公司，并通过外国子公司来自其外国孙公司以及外国孙公司下属的外国重孙公司等多层外国附属公司的股息所应承担的外国所得税的税收抵免。

母、子、孙、重孙等公司的关系呈现出层层控制的突出特征，股息分配方向是自下而上的。在每一层公司向上一层公司支付的股息中，都含有收到的下一层公司支付的股息部分，也都包含了承担的本层公司和下一层公司的部分所得税额。多层间接抵免的计算原理与一层间接抵免方法基本相同，可以类推，但计算过程和步骤要复杂一些，需要从所涉及的最基层公司向上一层支付的股息所应承担的所得税额算起，逐层往上计算，最后计算出母公司应纳所得税额。