间接诊断是当致病基因已知而异常未知时，或致病基因本身尚属未知时，可通过对受检者及家系进行连锁分析，以推断前者是否获得了带有致病基因的染色体。在已经确定突变位点的情况下，PCR扩增含有这一突变位点在内的一段DNA片段，如果点突变正好涉及限制性内切酶酶切位点，用该限制酶切割PCR扩增产物，可以产生与正常不同长度的DNA片段，通过凝胶电泳就可能直接检测到。在点突变没

在点突变没有涉及限制性内切酶酶切位点的情况下，可以应用等位基因寡核苷酸探针（allcle-specific oligonucleotide，ASO)通过斑点杂交进行检测。针对每种突变合成一对寡核苷酸片段作为探针，其中一个具有正常序列，另一个则具有突变序列。突变的碱基及正常的碱基均位于寡核苷酸片段的中央，因为只有在此位置时，该碱基与被探测的DNA上相应碱基或匹配或错配，对二者结合力影响最大。严格掌握杂交及洗脱条件，只有与探针序列完全相同的等位基因片段才显示杂交信号，而与探针中央碱基不相同的等位基因片段不显示杂交信号。