重庆阴条岭国家级自然保护区是神农架原始森林的余脉，保护区总面积22423.1公顷，其中核心区面积7851.2公顷，缓冲区面积6238.4公顷，实验区面积8333.5公顷。主峰阴条岭海拔2796.8米，是重庆市最高点，被称为“重庆第一高峰”，平均海拔1900米。

2012年2月，国务院办公厅下发了《关于发布河北青崖寨、山西省黑茶山等28处新建国家级自然保护区名单的通知》（国办发〔2012〕7号），确定巫溪阴条岭自然保护区为国家级自然保护区。

2023年11月，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，重庆巫溪阴条岭兽类及鸟类重要栖息地入选。

保护区位于重庆市巫溪县境内，范围在东经109°41′19″—109°57′42″，北纬31°23′52″—31°33′37″之间。保护区东界从神农架林区、巫溪县和巫山县三个行政区边界交汇处起，沿巫溪县和巫山县县界向南至大窝坑；南界从大窝坑起，经八里槽、龙家窝淌、龙家窝淌西580米处、后窖梁子东北1300米处、板壁岩、邱家垭子、黄花山、黄花山西840米处、大屋墙南370米处、马骡池东140米处、苏家岩西北200米处、腰悬岩、朱家垭口西780米处、朱家垭口、轿顶山、张家屋场西南400米处、丁家河西北220米处、常家坪、黄板岩东270米处、河坪、龙洞桥、马淌桥、田家垭子、碓窝坪、新瓦屋、双阳桥东230米处、百步梯、石窝子西490米处、大岩屋、鹰嘴岩东650米处、岩屋墙、马路槽、水沟子、大洪岩至四营头，沿官山林场界向西北至人桩石东南370米处；西界从人桩石起，经大官山了望塔、野猪坪、石门子南370米处、2372米高程点、黄柏棚东南490米处、风洞子、火烧坡、杉树梁子、大官山、桦桷垭、豹子坪、石柱子、阎王峡、石鸭子、古石墙、杀人坪至省界；北界以湖北省和重庆市省界为界。

2022年2月28日，重庆市中药研究院研究团队在保护区首次发现蛇菰。

2022年6月29日，重庆巫溪阴条岭国家级自然保护区发现兰科植物新记录种——药山虾脊兰。

2021年4月，重庆自然博物馆陈峰等人在重庆市阴条岭自然保护区开展野外植物资源本底调查时，发现一种开黄花的未知白前属植物。2022年，该新物种命名为：三峡白前(Vincetoxicum pingtaoanum Cai F. Zhang, G. W. Hu & Q. F. Wan)。

2023年2月9日，记者从重庆阴条岭国家级自然保护区管理事务中心获悉，该中心联合西南大学生命科学学院研究员张志升团队在保护区开展联合科考时，发现5种蜘蛛目物种和1种盲蛛目物种，通过查阅文献、野外标本采集、对相关标本进行比较研究，最终确认阴条岭新增6种蛛形动物特有物种。相关研究成果已在《蛛形学报》上发表。

新增的6种蛛形动物特有物种包括官山指蛛、偏岩屋叉蛛、阴条岭垣蛛、巫溪小类球蛛、阴条岭小类球蛛5种蜘蛛目物种和巫溪申盲蛛1种盲蛛目物种。

2023年4月，从重庆阴条岭国家级自然保护区管理事务中心获悉，中国农业大学植物保护学院刘星月教授团队在参与由西南大学生命科学学院张志升教授团队和该中心组织开展的联合科考项目中，发现了一种大巴山系特有的蚁蛉物种，且为未曾记录的新种。相关研究成果已在国际动物分类学期刊《Zootaxa》上发表，并将该新种命名为友谊英蚁蛉。

2023年5月，记者从重庆阴条岭国家级自然保护区管理事务中心获悉，历时3年的重庆阴条岭国家级自然保护区重点保护野生植物调查工作已完成，共发现74种重点保护野生植物，其中国家级51种，重庆市级23种。

2024年2月19日，重庆阴条岭国家级自然保护区管理中心发布消息称，保护区内发现苦苣苔科植物新物种——巫溪马铃苣苔。

2024年3月，重庆阴条岭国家级自然保护区首次发现西蜀丁香。

2024年5月，重庆阴条岭国家级自然保护区管理事务中心发布消息称，近十年来，该中心联合西南大学、重庆自然博物馆、重庆师范大学、重庆市中药研究院等科研单位，在保护区持续开展的生物资源综合考察和专项调查工作中，共发现5个植物新种。