已故艺术家 Fernando Zobel de Ayala y Montojo在二十世纪五十年代设计了阿亚拉博物馆，1967年阿亚拉博物馆作为阿亚拉基金有限公司(当时的名字是和菲律宾妇女基金有限公司)的一个项目建成。
这个博物馆主要历史收藏品是六十个手工制作的立体布景，记载了
菲律宾丰富的历史。除此之外，还有一些按照菲律宾海岸上的航船制作的模型。除了这些历史收藏品，还有一些考古学、人种学和艺术方面的收藏品，时间跨越从史前直到现在。其中艺术品包括Juan Luna (1857-1899)，Fernando Amorsolo (1882-1972)，和Fernando Zobel (1924-1984)的重要作品。