同年,他参与总统竞选,成功击败了前总统苏加诺的女儿
梅加瓦蒂,当选为印尼第四位总统。
瓦希德在其执政的20个月期间,频繁出国访问,足迹遍及五大洲,印尼人指责他疏于治理国家;他不断地改组内阁,以图扩充自己的势力,得罪了议会中的大部分政党,特别是得罪了他的最大政治盟友
民主斗争党以及过去同他私交甚笃的
印尼民主斗争党领袖、副总统梅加瓦蒂,导致瓦希德的执政基础遭到严重削弱。
2001年,其政敌以“两门”(“布洛门”、“文莱门”)贪污丑闻对他进行指控。尽管“两门”被证实是“莫须有”之罪,印尼最高检察院已撤消指控,但这些人依然要对他实施“弹劾”。然而,瓦希德以强硬姿态一再表示“决不辞职”,一定要干到2004年任期届满。
瓦希德过去曾多次顺利度过危机,例如苏哈托执政时,企图把他赶下伊斯兰教士联合会主席的位子,他仍能设法过关。但瓦希德这次面对的不是一个独裁者,而是国内大部分政治势力,包括国会内的第一、第二、第三大党、曾同他“情同兄妹”的副总统梅加瓦蒂,以及掌握枪杆子的军警部队。
瓦希德曾向媒体承认自己有华人血统,其本家族祖上系福建的回教长老陈金汉,于明永乐十五年(1417年)郑和第五次下西洋时随船队前往印尼爪哇岛,并于
泗水定居。