“扎仓”为藏语之音译，意为“僧学院”，即“西藏佛教僧众学习经典之学校”。“阿巴”则是其校名。阿巴扎仓是色拉寺三大重要扎仓之一，始建于1559年，为固始汗曾孙拉藏汗的颂经修法院。该扎仓的主要密宗仪轨和尊奉的本尊是密集金刚、大乐金刚、大威德金刚。

阿巴扎仓有4层：共分5个拉康，主要供奉有释迦益西的塑像。在明清时期，大慈法王释迦益西进京觐见皇帝时，被赐予用红檀香木做成的十六罗汉，之后一直供奉在阿巴扎仓罗汉殿内，而十六罗汉又被泥塑包裹起来，早前据说，从一两个泥塑中传出罗汉发出的声音，真可谓是妙哉！据今已有400多年历史的阿巴扎仓，原系初建色拉寺时的全寺大经堂，后改为阿巴扎仓的经堂。该扎仓面积为1517平方米（以外墙为准），经堂有46柱。现有僧人不足100人，僧人们主修密宗。

阿巴扎仓为密宗学院，大殿由48根大柱组成殿中供奉的是9头34臂的胜魔饰畏金刚像，是黄教密宗三大本尊之一。传说该佛是大法王宗喀巴亲手塑建的。怖畏金刚右侧的宗喀巴像，据说也是宗喀巴亲自塑制的，其塑像的鼻梁端直挺拔，与其它寺院供奉的宗喀巴像有明显不同。