1992年—2002年,当选为两届中共江苏省委委员。1998年—2002年,当选为第九届全国人大代表。2002年—2007年,当选为第十届省
人大代表。
在任职中共江苏省委教育工委书记、江苏省教育委员会主任、党组书记时期,陈万年坚持改革创新、与时俱进,积极实施省委、省政府提出的“科教兴国”战略,大力推进江苏教育现代化工程;在全国率先倡导“国有民营机制办学”,在先行试点成功的基础上于1998年起在江苏推行“公办高校举办民办二级学院”,有力地推动了江苏高等教育大众化发展的进程。
自2003年起任职全国首批和江苏省首所民办本科高校——三江学院以来,陈万年为江苏民办高等教育事业的发展、尤其是三江学院事业的发展做出了卓越贡献并产生了广泛的社会影响。在他的带领下,三江学院的事业发展蒸蒸日上,2007年作为全国首家民办本科高校顺利通过了教育部本科教学工作水平评估。