1921年4月，孙中山在广州召开非常会议，决定成立中华民国正式政府，选举孙中山为大总统。5月5日，孙中山正式就任中华民国大总统，总统府设于越秀山南麓。广州中华民国政府建立后，颁布推行了一系列改革吏治与保障人民权利的法令，再度揭起了护法的旗帜，并准备北伐。然而，作为孙中山曾经信任的部属广东军阀陈炯明，于1922年6月16日在广州发动兵变。陈炯明派4000余人围攻总统府，炮击孙中山住所观音山粤秀楼。孙中山立即转移到珠江上的永丰舰。6月17日，孙中山号召讨逆。19日，孙中山电令北伐军回师广东。8月9日，孙中山在与陈炯明叛军激战55天后，离开广州，这是孙中山所遭受的一次最痛苦的失败。8月15日，陈炯明自任粤军总司令，广东为陈炯明所控制。