陕西省微生物研究所是西北地区从事微生物技术研究的科研机构，隶属于陕西省科学院。

1954年7月，中国科学院西北农业生物研究所筹建。

1956年2月，中国科学院西北农业生物研究所正式成立，后成立下属微生物室。

1958年5月，经中华人民共和国国务院批准所名改为中国科学院西北生物土壤研究所。

1964年7月，改名为中国科学院西北水土保持生物土壤研究所。

1979年10月，陕西省微生物研究所在西安正式独立建所。

2011年12月，陕西省微生物研究所分析测试中心通过陕西省质量技术监督局组织的（计量认证）复评审和食品检验机构资质认定初评审。

2020年7月，陕西省微生物研究所牵头的“秦巴山区微生物资源发掘与利用创新团队”入选2020年度陕西省科技创新团队名单。

2022年7月，陕西省微生物研究所建立的“洛南羊肚菌产业县域科技创新示范站”通过评估，被认定为省级县域科技创新试验示范站。

截至2023年3月，陕西省微生物研究所在职人数84人，其中专业技术人员71名，高级职称技术人员29名，博士18名，硕士36名。拥有国家级青年突出贡献专家1人，省级突出贡献专家1人，省三五人才2人，省科技新星1人，三秦人才津贴1人。

陕西省“三五”人才获得者：杨国武、徐升运

陕西省“三秦人才”津贴获得者：徐升运

据2023年9月研究所官网数据，陕西省微生物研究所下设5个研究中心，并建立省级工程中心“淀粉转化工程技术中心”。

所属研究中心：微生物资源前期开发研究中心、农业与环境微生物研究中心、微生物工程与技术研究中心、真菌研究中心以、分析检测研究中心

据2023年9月研究所官网数据，陕西省微生物研究所建有秦巴山区微生物资源库及代谢产物库，建立了微生物天然产物及分子生物学研发平台、微生物发酵技术平台以及食用菌技术研究示范基地。

据2023年9月研究所官网数据，陕西省微生物研究所在多个领域取得重要进展：在科技扶贫领域，获得国家重点研发计划重点专项“秦巴山、吕梁山主要经济作物提质增效技术集成研究与示范”支持，珍稀食用菌技术在柞水县、紫阳县科技扶贫中成果显著；在微生物医药及高附加值产品开发领域，“混合核苷原料药及片剂”“药用辅料环糊精系列产品”产值均超过亿元，普鲁蓝多糖、乳链菌肽、重组人表皮生长因子、重组人铜锌超氧化物歧化酶、重组磷脂酯酶等高效低成本生产技术达中国国内先进水平，并与中国国内外多家知名企业进行了技术合作或转让；研制苹果专用微生物复混肥获国家肥料证书，在陕西省省内广泛推广与应用；石油污染微生物修复技术在内蒙古苏里格、新疆塔里木等石油污染区域应用推广，为当地环境保护提供技术支撑。

截至2023年2月，陕西省微生物研究所拥有省部级奖项27项，其中包括陕西省科技大会奖、陕西省科技成果奖等；在2022年的获得授权专利共计11项。

陕西省微生物研究所所标外环是个“S”，代表陕西省。内部“W”代表研究所主要从事微生物研究。“W”近看象一朵莲花，寓意研究所的春天即将到来，科研工作者将在微生物领域创造更多的成果。“W”远看又象一座大山，寓意科研工作者将努力攀越一座座高山，并积极培育研究所“开拓、包容、创新、超越”的科研精神。所标底部的陕西地图，寓意研究所将积极发挥区域创新优势，并积极为陕西当地做贡献。

开拓、包容、创新、超越

2021年5月22日，陕西省微生物研究所举办了第十七届公众科学日活动。