雄雄寺是藏地“香巴噶举”派的祖寺。寺庙的创建者、也是这一教派的创始人“琼波南觉”（约900—1140年），他多次到印度求法，对他最有影响的是两位女性。一位是号称空行母的尼古玛，她传授了后来成为
香巴噶举派基本大法的“尼古六法”，琼波南觉就是在“尼古六法”的基础上，创立了不同于藏传佛教其他教派的香巴噶举派；另一位是琼波南觉的女上师苏喀斯迪。
琼波南觉最初在拉萨河一带建造了一座小寺。但直到他西行到了香曲河流域，建造了以雄雄寺为首的108座寺庙以后，才名声大噪。后来人们尊称他为“喇嘛香巴”，而他所创立的教派，也因为根据地在香曲河流域，故称为“香巴噶举派”。
后来，
香巴噶举派以
南木林为中心。在传承了七代之后，它分裂出两个世系，其中一位香巴噶举派弟子，在今天的羊卓雍错附近，修建了桑顶寺，形成香巴噶举派的“桑顶”世系。此后香巴噶举派还出现了一位大师“汤东杰布”，他以在藏地各处大江大河上修筑铁索桥而闻名。同时，他也是藏戏的始祖，他所创立的藏戏，藏名称为“
阿吉拉姆”，“阿吉”是大姐或女性的意思，“拉姆”意为“仙女”。