霍华德·休斯医学研究所国际青年科学家奖是由霍华德·休斯医学研究所设立，霍华德·休斯医学研究所是全球规模最大的非盈利性私立医学研究所，成立于1953年。

该研究所每年从来自全美大学和研究机构的提名人选中，通过严格选拔，遴选出若干最杰出的生命科学家成为HHMI研究员，无偿为其提供研究支持和资助。目前该研究所在美国共有330位研究员，其中13人是诺贝尔奖得主，147人是美国国家科学院院士。

同时，为鼓励美鼓励美国之外的科学家从事科研事业和科学创造国之外的科学家从事科研事业和科学创造，HHMI还设立了国际青年科学家奖，拟资助美国以外的17个国家的杰出科学家。入选人员是已经或者具有潜力成为科研领军人的科学家，而且正处于开展独立科研的初始关键阶段。该资助将仅颁发给能够纯粹支持基金获得者进行科研工作的科研机构。基金为期5年，从2012年开始，第1年25万美元，后4年每年10万美元。

国际青年科学家项目候选人须在美国接受过博士、医学或博士后水平的训练，并且在2004年1月1日之后建立了独立实验室。候选人应成绩优异，拥有很强的独立研究能力。申请人还必须符合其它要求，如“作为第一作者或高级作者，在同行评议的英文原创科研杂志上发表两篇以上的文章”，“能自己掌握科研方向，实验室空间和经费；绝大多数工作时间放在科研、指导学生和教学上，不担任主要的行政职务”，“在基础生物、病发机理方面开展基础生物医药科学研究；也可涵盖直接与生物或医药相关的化学、物理、计算科学或工程领域”，等等。