霸主宝可梦（日文︰ぬしポケモン，英文︰Totem Pokémon）是诸岛巡礼中考验最后出现的强大宝可梦。这种宝可梦相比同种类体型格外庞大，并且全身覆盖着特殊的气场。在跟它进行战斗时，它会呼唤自己的伙伴（日文︰仲间，英文︰Ally Pokémon）来提供支持。

霸主宝可梦除了身体庞大以外和普通的该种宝可梦并没有什么不同，不会如同超级进化那样增加种族值、改变属性或改变特性。不过霸主宝可梦可能会呼唤与该种宝可梦配合良好的帮手，例如：霸主弱丁鱼会呼唤保姆曼波前来使用治愈波动来为霸主弱丁鱼维持鱼群的样子；霸主兰螳花会呼唤飘浮泡泡前来使用大晴天，这既能配合兰螳花的光合作用、日光刃、叶子防守特性，又能帮助飘浮泡泡使出高威力的火属性的气象球。