青海藏医学院成立于1987年，建院之初筹建了藏医药“唐卡”示教室、藏药标本室和藏药制剂实验室。
藏医药学与印度
吠陀医学、
中医学、西方传统医学（希腊-罗马-阿拉伯医学）并称为世界四大传统医学。历史源远流长，博采欧亚诸医学之长，是祖国传统医学宝库中的一颗璀璨明珠。千百年来，它为藏区各民族的健康繁衍和疾病防治做出了巨大的贡献。
藏医药文化以“
三因学说”、“五源学说”、“医算结合学说”等基础理论知识体系为核心，该知识体系又与藏传佛教、哲学、天文、物候、民俗等文化门类互相联系，共同构成了青藏高原人民的疾病观、社会观、自然观、生命观。由于青海省地处青藏高原这片被称为“世界第三极”的净土上，日照时间长、昼夜温差大、空气纯净度高、光合作用好等独特的高原自然条件，使青藏高原藏药材具备有效成分多、生物活性强、低毒、无污染等特点，在祖国传统医药中有着得天独厚的优势。
藏医药的学术特点体现在四个方面：一是建立了一套完整而独特的医学理论，涉及生理、病理、解剖、诊断、保健、药理等领域，这是藏医学的立论之本；二是对常见病、多发病具有神奇的效果，其中对
心脑血管、风湿、类风湿、消化系统、神经系统等领域一些病种的疗效甚至超过西医；三是在很多领域具有一定的领先性和独创性，如胚胎学、尿诊、药浴及火灸疗法等。四是采用了大量道地药材，在有记录的2294种藏药中，1000多种在中医药经典中没有记载。
改革开放初期，传统的藏医药人才一直依靠几千年承袭的“师带弟”的方式培养，直到1986国家教育部批准在全国创建2所藏医高等院校，藏医药人才开始进入以高等教育的方式培养，
青海大学藏医学院（前身为
青海藏医学院）为其中之一。1995年青海藏医学院并入青海医学院，对实验室体制进行了系统优化配置、资源共享。2003年，学院把藏医药学实验室建设作为一项重要工程，按照学科特点，相继建立和完善了藏医药“唐卡”示教室、藏药标本室、藏药制剂实验室、藏药炮制实验室、藏医药综合实验室、医学形态实验室、医学机能实验室、药物分析实验室、生物化学实验室等基础上，正式成立了青海医学院藏医药学实验教学中心。
2004年原青海医学院与原青海大学整合组建新的青海大学，对原来分散的实验室合并重组，成立了藏药分析实验室、藏药药理实验室、藏药炮制工艺实验室、树喻器械室、藏药标本室、中藏药鉴定实验室、植物化学实验室等。并依托
青海省藏医院、青海省藏医药研究所、青海金诃藏医药集团、
中国藏医药文化博物馆等单位雄厚的藏医药学教学、科研、医疗设施和师资力量进行资源共享，完善了青海大学藏医药学实验教学中心。它对各专业不同学历层次学生实践能力和创新能力的提高起到了显著作用，中心下属的藏药分析实验室、藏药药理实验室，2004年被
国家中医药管理局认定为“国家中医药科研三级实验室”，2005年中心由
青海省科技厅和
青海省卫生厅先后认定为“青海省藏药新药开发重点实验室”、“青海省藏药技术创新中心”。
经过几年的不懈努力，青海大学藏医药学实验教学中心已初步建成教育理念先进、实验设施基本完善、教学体系较为完整、实验教材规范、队伍结构合理、管理水平较高，学科特色鲜明的现代化实验教学中心。
近年来，藏医药已被青海省列为经济发展的特色支柱产业，成为我省新的经济增长点。藏医学作为我省的一大特色和优势学科，2006年1月，
国务院学位委员会批准民族医学（藏医藏药方向）博士学位授权点，实现了我省高等教育博士点零的突破。