青海湖国家级自然保护区管理局是青海湖景区管理局直属机构。

承担景区内自然资源与生态环境保护工作；组织开展景区野生动植物资源、湿地和荒漠调查、动态监测和评估；依法组织、管理野生动植物保护、栖息地恢复、疫源疫病监测；负责管辖范围内环境保护工作，监督检查对生态环境有影响的自然资源开发利用活动；指导和协调解决景区内重大环境问题，依法查处环境污染事故和生态破坏事件；负责管辖范围内环境影响评价报告的审核报批工作。内设办公室、自然保护科、信息宣传科，直属鸟岛森林公安派出所，均为正科级机构；在青海湖南、北岸分别设立保护站。