飞来寺位于位于广东省清远市城北23公里的飞来峡风景区，相传是从安徽飞来，故名飞来寺。始建于公元520年。

相传在梁武帝普通元年（公元520年），轩辕黄帝的两个庶子太禺和仲阳隐居在飞来峡。一个月明之夜，他们边饮酒、边作乐、边欣赏眼前这峰峦叠嶂、江水凝碧、佛山渔火点点的夜色时，总是感到有点美中不足，缺少点什么东西？猛然间醒悟：对，就是缺少一个道场，当即，他们驾起祥云，来到安徽舒州上元的延祚寺，对住持贞俊禅师说：“峡居清远上游，千峰拱主，悉若佑命，所称福地是也。吾欲建一道场，立胜概，师居乎？”贞俊禅师不好拒绝，也不好作答，只是微点了下头。夜静，太禺与仲阳作法，一时行雷闪电，风雨大作，把整座延祚寺凌空拔起搬往广东。次日，贞俊禅师早起，发现寺院已在清远峡山，心中不悦，口中念念有词：“寺能飞来，胡不飞去？”空中传来话语：“动不如静！”从此，这寺院就落地生根，留在了飞来峡。

据说延祚寺从安徽搬往广东，路经江西大庚岭时，偏殿不小心被撞掉一角，落在现今的南雄梅岭云雾山中，这就是“挂角寺”，后来又称之为云封寺。

有关该寺的由来，民间尚有多种传奇和说法，孰是孰非，留待后人考究。

传说终归是传说。但飞来寺历经坎坷，长达行年却是事实。《清远县志》有记载：飞来寺由广庆寺（飞来寺旧址）、飞来古寺、帝子祠、六祖殿、观音殿等组合而成。此后，经历代不断修复、完善、扩展，成为岭南三大古刹之一。

然而，天有不测之风云，飞来寺遭受了一场千年的洪劫。那是1997年5月8日（农历四月初二）的上午10时许，由于飞来峡一带连降暴雨，一场千年不遇的特大山洪引发泥石流袭来，倾刻之间，整座寺院大部分建筑被冲毁、掩埋，多尊珍贵菩萨塑像被冲入江中流走，7名僧尼和2名寺院职工、2名临时工失踪或死亡，现场一片狼藉，惨不忍睹，损失极为惨重。

千年古刹飞来寺，就这样突然地“飞走”了。古寺还能“飞回来”吗？

面对灾情，人们知难而上。在社会各界人士的支持下，飞来寺的救灾重建工作进行得有条不紊。“幸得南天融融日，莲官依旧耸林梢。”7年过去，在2004年5月的全市文化体育艺术节期间，一座崭新的、被誉称为“人间佛国”的飞来寺又重新展现在人们面前。

据清康熙年间编修的《清远县志》记载：“广庆寺，即清远峡山飞来寺，梁普通年间贞俊禅师建”。

乾隆《广州府志》卷十七《祠坛·寺观附》记载：“广庆寺，即清远峡飞来寺，梁武帝普通二年真俊禅师建。”在萧梁时代社会生产力落后，交通不便，寺又建在地形险要的清远峡山之上。“飞来”二字最早见于北宋政和年间胡愈所撰《修飞来殿碑记》，但其时“飞来”二字，不是用于寺名，而是用于殿名。碑中还记载了神人移建佛寺的神话故事：轩辕黄帝有二位庶子，名为大禺、仲阳，他们为峡山奇丽景色所吸引，隐居山中。梁武帝普通元年十月十八日晚，他们运用神力，一夜之间将安徽省舒州上元延柞寺搬到了清远峡山。黎明前，延祚寺住持贞俊禅师开门一看,寺已经在峡山落地生根。故名“飞来寺”。

唐景云年间，飞来禅寺曾改号“飞来禅居寺”，又称“广庆寺”。唐代民间还流行称“峡山寺”。宋代寺称“广庆寺”，北宋康定年间，宋仁宗赵祯赐额“广庆禅寺”，飞来禅居寺改名为“广庆禅寺”。南宋景定五年，宋理宗皇帝赵昀为本寺赐额“峡山飞来广庆禅寺”。元代,仍称“广庆禅寺”。此后，“飞来寺”逐渐成为主要用名。

戏曲家汤显祖，别号“清远道人”，相传为写作《牡丹亭》专程来到清远飞来寺做了一名挂名道士。

传说李飞是南朝萧梁时代人,原为镇江金山寺僧人,奉梁武帝之旨到有第十九福地之称的清远峡山兴建道场。李飞在峡山北禺半山中，创建一座佛寺。作偈云：“我名飞,向南来,寺落成，号飞来。”这一传说从寺名出发演绎而来,着重在于注解寺名的缘由。

梁武帝普通年间,南天竺高僧、后被尊为中国禅宗初祖的菩提达摩,应武帝之邀北上金陵，途经飞来寺宣讲佛法。今寺西有“达摩谈经石”。隋时，禅宗三祖僧璨游历岭南,曾挂锡飞来寺。过去峡山中有“三祖石”。唐高宗仪凤二年,南宗顿教创立者，禅宗六祖惠能从广州北上曹溪宝林寺，途中在飞来寺参拜“达摩谈经石”，演说禅宗，后来寺建有六祖殿。