馆藏组织的中心内容是对馆藏文献的合理布局，即组织各种不同的文献库。布局应保持相对的稳定，同时也应根据变化了的情况对馆藏作相应的调整，但变动不宜过于频繁，以免影响到保管和利用。文献库的组织源于对文献的划分，较大的图书馆一般将馆藏文献划分成若干个不同的部分， 如图书和期刊， 普通书与线装书，常用书和非常用书，综合性图书和专科性图书，纸质文献与音像文献、缩微文献等。在划分馆藏文献的基础上，分别组成不同用途的文献库。通常可以划分为基本文献库、辅助文献库和特藏文献库3部分。

也称总文献库，在图书馆习称基本书库或总书库。它是全馆文献集中收藏存放处，容纳文献的数量最多，知识门类广。一般包括推荐性的常用文献，供研究用的参考文献，使用很少的档案性文献和提存的保密性文献等。 基本文献库具有全面收藏、 长期保存、临时调阅利用、适时剔除等功能。其内容、范围、品种、数量、 质量可反映该文献情报机构 的文献资源的性质、规模及其满足读者需求的能力和所达到的程度。基本文献库对辅助文献库、特藏文献库可起到调节作用，如前者常为后者提供必要文献并接受从后者移送来的文献。

由于基本文献库入藏的文献内容复杂,类型较多,为充分发挥各类文献的作用，通常采用分层、分区存放各种文献的管理方法。例如按文献性质和使用范围，划分为普通文献库、内部文献库、提存文献库。还可以按文种、按学科、按文献类型来划分不同的文献库。为了保存文献和满足读者的急需，一些图书馆、情报机构将每一种文献或将常用的文献抽出1～2册作为保存本，并设置保存本库或复本库。

为读者外借、阅览或参考研究而建立的各种文献库。习称辅助书库。通常可分为 3种：外借处辅助文献库、阅览室辅助文献库、参考研究室辅助文献库。各种辅助库所配备的文献多以读者经常使用的为主，现实性、参考性、针对性较强，利用率较高。凡是过时的、失效的、不对口的、呆滞的文献，均应及时从文献库中抽出，送回基本文献库中去。

建立辅助文献库，应有明确的目的，以方便读者使用为原则，一般可按读者对象、文献类型、文种等设立辅助库。所藏的文献应既有相对的稳定性，又有一定的时效性。应不断补充新的文献，以适应特定读者的需要。固定的辅助文献库，应有相应的读者目录，全面反映所藏文献的内容。

也称专门文献库，习称特藏书库或专门书库。是为了适应一定范围读者的特殊需要，或是为了适应某一类型出版物和某一特藏在管理与使用中的特殊要求而设立的。 特藏文献库的收藏范围包括： 珍本、善本、手稿、地方文献、音像文献、缩微资料等，它们可在一定程度上反映文献情报机构的收藏特色，多是经过长期积累起来的(见图书馆馆藏)。特藏的文献主要用于专门参考和对特种文献的管理。对其使用往往有特殊规定，多不外借。

特藏文献库可按文献的形式特点设立,如金石库、舆图库、善本库、 报刊库、 缩微文献库、音像文献库等。也可按文献内容特征来设立，如地方文献库等。各图书馆可根据实际需要和客观条件设立特藏文献库，如国家图书馆常设有手稿专藏及抄本、刻本、善本专藏等，大中型公共图书馆的地方文献专藏、历史文献专藏、古籍善本专藏等；高等学校图书馆的外国教材专藏、本校出版物专藏等。

以上三种文献库各有其独立性，但又彼此联系和结合，组成图书馆的完整馆藏。大型图书馆多以基本文献库为中心，以辅助文献库和特藏文献库为分支。

由于受传统观念的影响，一些图书馆对所藏文献不分新旧和利用率高低，一律集中在完全闭架的大书库，使藏书与读者处于隔绝状态，致使宝贵的文献不能发挥应有的作用。为了解决这个问题，一些国家的图书馆采用三线典藏制组织馆藏，即把利用率最高的文献组织到一线文献库(阅览室、外借书库)，实行开架借阅制；把利用率较高的文献组织到二线文献库 (相当于辅助文献库)， 实行开架或半开架借阅；把利用率低的文献组织到三线文献库(相当于基本文献库)，采取闭架借阅。实行开架或半开架的阅览室或书库多按文献出版形式、学科、文种以及出版时间进行划分，如中文期刊阅览室、西文书库、过期期刊库，现期期刊阅览室等。开架的文献库和阅览室采取藏书与阅览相结合，即文献库中能阅览，阅览室中有文献。三线典藏制将馆藏中常用的文献和不常用的文献区分开来，既方便读者使用，又能充分发挥文献的作用，也有利于文献的管理。

大中型图书馆除按三线制组织馆藏外，还采用总馆之下设若干个分馆的形式组织馆藏。总馆的服务范围较宽,多数地处本单位或本地区的中心地带,入藏的文献既有综合性的也有专业性的，一般都是所在单位或地区的文献中心，对分馆的馆藏起调节作用；分馆多是为某一特定范围内的读者群服务的，所入藏的文献一般专业性较强，一些文献在分馆未入藏，不能满足读者需要的，则由总馆入藏和提供。总馆和分馆的关系是互相依靠，相辅相成，共同构成一个完整的文献收藏体系。

馆藏组织受多种因素的影响，如文献借阅制度、空间与设备条件、藏书与读者特点、图书馆员的业务能力和管理水平等。此外，馆藏组织还在很大程度上受传统习惯的影响。