香林寺位于南京市玄武区佛心桥一带，一度与鸡鸣寺、古林寺并称南京三大寺。红学专家曾考证出香林寺清朝时是江宁织造府曹家的家庙，曹雪芹在《红楼梦》中写到的铁槛寺就是以香林寺为原型。

香林寺始建于萧梁天监（502-519年），香林寺始建于南京湖熟镇杜桂村（今南京市江宁区湖熟街道），当时名为杜桂院。

宋代改名香林寺。南宋《景定建康志》引《庆元志古钟记》云：“梁天监中，杜桂二卿平章朝政，舍所居以为寺，故从其姓以旌名。”

元代《至正金陵新志》对香林寺的记载：“杜桂院在上元县丹阳乡。”该志引用比《景定建康志》早的《乾道志》云：“香林寺在城东南六十里，南唐保大六年（949年）建，在杜桂村，因为院额。今名香林寺，又名香林院，在赤山西。”

明洪武元年（1368 年） 香林寺迁入城内，即南京城东明故宫北，成化十五年（1479年）重修。在当时为“中刹”，归灵谷寺管辖，但下领“小刹”观音庵一所。其规模为“山门一楹、天王殿三楹、正佛殿三楹、左伽蓝殿三楹、右祖师殿三楹、大悲殿三楹、藏经殿三槛、基址十亩”。

民国初年，南京文史专家陈诒绂的《钟南淮北区域志》记载：“西北有香林寺，在厚载门后,明时所建。梁庆云寺佛牙流传在此；又有大藤，结成自然椅，容坐数人。”

康熙三十八年（1699年），康熙题写匾额“香林寺”。

1930年代初，戴笠在南京的中央陆军军官学校（黄埔军校）挑选20名学员，在香林寺办一个特训班。这可能是军统前身举办的最早的特务训练班，参加暗杀汪精卫的行动组长——老牌军统特务陈恭澍就是香林寺特训班毕业的。

1937年12月，日寇侵占南京，溃败的国军官兵剃光了头躲进寺庙，想假扮和尚躲过劫难。谁知还是被日本兵发现了。残暴的日寇开始惨绝人寰的屠庙行动，不仅将他们全部杀害，还把庙里所有的出家人，也一同杀死，断了香林寺的香火。香林寺僧人收留溃败的士兵的行动堪称义举。

1945年，在寺庙的基础上建成了香林寺小学，第一任校长顾敦厚，昔日坐东朝西的大殿成了音乐教室和小礼堂。解放后，香林寺的的另一侧多进四合院成了南京军事学院印刷厂。原址后来先后被用作工厂、学校、房管局和医院。

1959年，学校为了将大殿改成小礼堂和音乐教室，组织师生拆除大殿佛像。当时几个六年级的学生爬上佛像，把绳子套在佛像头上，然后一群人一起使劲拉绳，生生地将巨大的佛像拉倒，破碎的泥土铺满一地。“这时，一件奇怪的事情发生了，从佛像底下的莲花宝座里爬出来好多条火烧练子，就是赤练蛇，足足有20多条。大概有2米长，有牛奶瓶子的瓶口那么粗。佛像被拉倒后，几个上去套绳子的学生当时就感觉头疼不已，回家病了将近一个月才来上学，而其他没有上去套绳子的人个个都没事。

1950年代香林寺大殿的两侧有南北厢房，他学校的教室大都沿用是以前寺庙的老房子，学校的操场在大殿的后面，有四棵建寺时栽下银杏树，高大挺拔，需要三人合抱，现只剩下三棵了。

1980年，这三棵银杏树被定为南京市第一批古树名木。在文革前，张老师曾经接待过一位前来香林寺投宿的东北云游僧，云游僧听说过香林寺昔日的繁华，并不知道寺庙已经废弃了。八十年代初，南京大学的吴新雷教授和南京博物院的王少华研究员察勘了香林寺遗址，访问了还俗的张姓末代和尚，查看了原来寺庙的藏经楼（现为宇花小学）。据末代和尚讲：从前南京城内著名的寺院是三个，合称“香、古、毗”，香林寺第一，古林寺第二，毗卢寺第三。香林寺藏经楼原来有大量的佛教典籍，还有“庙谱”记载历年大事。可惜在文革中被查抄，均不知去向。

如今位于佛心桥36号的南京市宇花小学，就建在当年的香林寺的多进四合院之上。宇花小学前身是中国人民解放军军事学院子弟小学，创办于1952年8月。当时校址在本市鼓楼区的石钟路，校名为石钟路小学。1964年夏，根据中央军委决定，全军子弟小学交由地方管理，宇花小学从孝卫街左所村迁移至此，原来军事学院印刷厂改为校舍，即南京市宇花小学。1968年底，与宇花小学一墙之隔的南京市香林寺小学停办，并入宇花小学。1979年底，又接收了太平门小学5个班的学生及教职工8人。太平门小学撤销，校址让给三十四中，如今是玄武外国语学校。

香林寺旧址现存大殿一座、古银杏三株以及碑刻若干方，位于佛心桥37号，现为南京玄武区房产局。1992年，列为南京市文物保护单位。大殿坐东向西，南北长24米、东西宽18米，5楹，进深4间；墙用大城砖经水磨砌成；硬山顶，四角上翘，屋脊两端置吻兽。柱础华丽，肩、腹、胫三层均作浮雕；图案为吉祥纹饰，有八卦、如意、方胜、龙凤、花卉及蝠（福）、鹿（禄）、兽（寿）等谐音图案，为一般寺庙所少见。在厢房内有《香林寺庙产碑》，记载了曹雪芹祖父一次施舍四百二十亩香火田之事。

据甘熙《白下琐言》卷一记载，寺中有四足铜方鼎，高二尺余，其色黝然如铁。传说百年来从未出灰，但灰亦不满。又有木椅高三尺余，可坐数人，整合而成，闻之有异香，相传为沉香木，现已无存。大悲楼有雕梁九龙供案，是明代宫内用物。又有吴道子大士画像，金碧粲然。又有佛牙高约五寸，阔五寸，其色黄，覆以香楠小塔。另据《南淮北区域志》：“西北有香林寺，在厚载门后．明时所建。梁庆云寺佛牙流传在此；又有大藤，结成自然椅，容坐数人”，现诸物多失。

大殿坐东向西，属于硬山顶的建筑，四角上翘。大殿外观保存基本完好，门前挂着“南京金陵沧波门医院”的牌子，外墙仍然保留着传统建筑的红色，里面则被医院改造成两层，分隔成一间间的办公室。大殿原来柱础上的龙凤、花卉等吉祥纹饰浮雕图案仍很清晰。外墙的上半部还保存着花格窗，里面露出新装修后的塑钢拉窗。

转过大殿，有三棵高大的银杏树，树干直径都在60厘米左右，满树黄叶在阳光映射下显出迷人炫目的色彩，不时有叶子随风飘落。三棵银杏上都有城建局和园林局挂的古树名木的铭牌，上面标注着“树龄：200年”。据当地居民说，这里原先有四棵银杏，建国初期死掉了一棵。

《红楼梦》中的“铁槛寺”，原型就是香林寺。曹雪芹在《红楼梦》十五回《王凤姐弄权铁槛寺》“王凤姐弄权铁槛寺”的“铁槛寺”，原型就是香林寺，文中写道，荣宁二府“往北”不远“这铁槛寺，原是荣宁二公当日修造的，现今还是有香火地亩布施，以备族中老了人口，在此便宜寄放……”又说“馒头庵就是水月庵，……离铁槛寺不远……”查同治《上江两县志》江宁织造署“往北”确有一个水月庵，早毁，在太平桥南。随着曹家的家道中落，香林寺的香火日趋冷落。

香林寺曾是江宁织造府曹氏家庙，香林寺的香火鼎盛与《红楼梦》作者曹雪芹的家族有密切关系。据现存嘉庆三年（1798年）立石的《香林寺庙产碑》上记载：“前织造部堂曹大人买施秣陵关田二百七十余亩，和杭州田地一百五十余亩。” 这里所说的织造部堂曹大人，据南京大学吴新雷教授考证乃曹雪芹祖父，时任江宁织造的曹寅，他一次施舍四百二十亩香火田给香林寺，让曹雪芹家族成为香林寺最大的施主，从而使香林寺再度振兴。

据《乾隆上元县志》卷十二《祠祀志．寺观》记载：“香林寺在太平门内，明时建，国朝康熙三十八年圣祖南巡改今名，方丈内赐御书“觉路”二字匾额。”康熙三十八年（1699年），康熙第三次南巡，看见寺院鸟语花香，遂御笔题写匾额“香林寺”。因此，当代红学界有人把香林寺称做“曹雪芹家庙”。