马公本名“妈宫”，以妈祖宫（天后宫）得名，庙建于明天启四年（1624）。清光绪十三年（1887）于其地筑妈宫城，1889年竣工，至今仅城门遗址保存完整。日本侵据台湾后，改名“马公”。为
台湾省著名港湾之一，宋、元以来，已是中国海防要区和
台湾海峡渔业基地。
马公港南侧有风柜尾半岛环抱，港口向西北，与
澎湖湾通连，港内有测天岛，与马公港市街南北相望。马公港的商港、渔港分别在
马公市街南及东南侧，商港水深6.5～10.5米，水域约6万平方米，可供3000吨级船只进出；渔港分第一、第二渔港。海军基地在测天岛。马公港主要商业活动仅限于粮食进口和水产出口。历史上马公港与台南
安平港的关系最密切，现安平港地位已为高雄港所取代，自马公至高雄79海里，至厦门103海里。