马尔堡病毒属是马尔堡病毒属成员与其它属成员的主要区别是，马尔堡病毒与埃博拉病毒没有抗原的交叉反应；马尔堡病毒粒子长度为790nm，而埃博拉病毒粒子长度为970nm。

种 型 维多利亚湖马尔堡病毒（Lake Victoria marburg virus） 维多利亚湖马尔堡病毒穆索科株（Lake Victoria marburg virus-Musoke （1980）） 维多利亚湖马尔堡病毒奥佐林株（Lake Victoria marburg virus-Ozolin （1975）） 维多利亚湖马尔堡病毒波普株（Lake Victoria marburg virus-Popp （1967）） 维多利亚湖马尔堡病毒Ratayczak 株（Lake Victoria marburg virus-Ratayczak （1967）） 维多利亚湖马尔堡病毒Ravn株（Lake Victoria marburg virus-Marburg Ravn （1987）） 维多利亚湖马尔堡病毒沃格株（Lake Victoria marburg virus-Voege （1967））

马尔堡病毒基因组长度为19.1kb，埃博拉病毒基因组大小为18.9kb；马尔堡病毒单个基因重叠，而埃博拉病毒多个基因重叠。与埃博拉病毒相比较，马尔堡病毒糖蛋白基因核苷酸有57%不同。马尔堡病毒感染人的死亡率是25%。