马尼拉海沟位于中国
南海东部、菲律宾西部，最深处约5400米。该海沟是中国
中沙群岛与
菲律宾群岛的自然地理分界线。
南海位于
中国南端，是中国近海中面积最大、水深最深的海区，可分陆架、大陆坡和深海盆等地貌单元。大陆坡上的沉积主要为软泥和粘土软泥，被大陆坡包围的深海平原为中央盆地，水深大于3500米，其间矗立有一些水下海山。
盆地东侧有
吕宋海槽、巴拉望海槽和马尼拉海沟。其中，后者最深，达5377米，长约350公里，沟底宽10公里。中央盆地的底质，主要为棕色
抱球虫软泥，含有火山灰。
欧亚大陆板块中的
巽他板块没入吕宋火山岛弧之下，产生了几乎正南北走向的海沟。这条海沟北起台湾碰撞带，南至民都洛地体。这个区域有负值的重力异常现象。