马祖寺布局严谨，建筑雄伟。寺前，一株苍翠挺拔的古柏热情迎客，寺后，两株唐柏和一对古银杏千年相守。因文革浩劫，如今建筑只剩下雄伟的主殿和左前方的吕祖殿。但它的镇寺之宝——清代四川总督骆秉章的告示碑仍完好无损。此碑立于清同治五年（1866），高180厘米，宽90厘米，厚20厘米。
马祖寺所存的告示碑，是骆秉章就任四川总督要职期间，及时抓住顺庆府武生白占螯、监生何焕章“霸占佛地”之事，被顺天府（今北京市）“照例惩就”的机会，采取“扶护三宝以兴佛道”的政治策略，巧妙利用绅民的宗教信仰来维持四川稳定的文物见证。据碑文内容可知，此告示在当时曾抄录颁行全川各大小寺院，并要求“以此为凭，锤碑勒石”。但迄今为止，仅发现马祖寺这方告示碑完整地保存到，其历史研究价值弥足珍贵。
除此镇寺之宝，马祖（佛）文化本身也是源远流长。《宋高僧传》有载：马祖即洪州道一禅师，俗姓马氏，今四川什邡人。“削发”于资州唐和尚，即德纯寺高僧处寂禅师，与韩国王子金和尚，即无相禅师成为师兄弟。其后，马祖“受具”于渝州圆律师，最后投衡岳怀让禅师门下，成为其得意高徒，并“振法”于“洪州”（今江西南昌）开元寺，形成 “洪州禅系”和中国南宗禅派势力最强大的流派——“临济宗”，而且影响到韩、日各国。
据
韩国延世大学禅宗史学家闵咏圭教授考证，马祖为韩国“新罗九山禅门”的始祖，著名的《祖堂集》所载的新罗僧，全是马祖直系弟子或法孙的弟子。可见，马祖是中韩佛教文化交往史上极其重要的代表人物。师高弟子强，马祖传人也多是声名远播者。如深受朝廷要员敬重的西堂知藏，不远万里慕名前来拜师的麻谷宝彻、南泉普愿、仰山慧寂等。2003年以来，马祖师兄无相禅师创建的成都大慈寺，经
成都市人民政府批准，正式对外开放，并且在全面恢复宗教活动后，迅速发展成为四川省和西南地区中韩、中日佛教文化交流中心。与成都大慈寺齐名的梓州慧义寺及鲁班湖畔马祖寺，也逐渐引起海内外学术界人士的热情关注。