东面隔哈马黑拉岛与
哈马黑拉海相邻，南界隔苏拉群岛与班达海、塞兰海相连，西界为苏拉威西岛，北面经240公里（150哩）宽的马鲁古海峡通达苏拉威西海和太平洋。西部深入苏拉威西岛北部的海域称为托米尼湾。
面积30.7万平方公里，拥有一系列海沟、海盆和海脊，
水深，东南头最深处达4970米。
西太平洋的一部分。周围是印度尼西亚的岛屿︰西有西里伯斯，东有哈马黑拉（Halmahera），南有
苏拉（Sula）群岛。其面积为200,000平方公里（77,000平方哩）。东南接塞兰（Ceram）海，南连
班达海，东北经摩鹿加海峡通太平洋。最深处为4810公尺（15,780呎）深的巴占海盆（Batjan Basin）。
海区东西长830千米，南北宽600千米，面积30.7万平方千米，拥有一系列海沟、海盆和海脊，水深1000～2000米，西部的托米尼湾最深3745米，是本海域最深点。周围各岛多火山，哈马黑拉岛上有活火山。入海河流短小流急。海岸陡峻。东部、南部群岛区多珊瑚礁滩。
海域地处
赤道地区（北纬4°～南纬2°），终年高温、多雨、
潮湿，年平均气温25～27℃，年均降水量2000～5000毫米。由于受季风影响，2/3的降水集中在11月～次年4月，旱季每月降水一般30～50毫米。海区表层盐度31～34‰。
新华网北京1月21日电 据我国
地震台网测定，北京时间2007年1月21日19时27分，在印度尼西亚马鲁古海峡（北纬1.2度，东经126.5度）发生7．5级地震。