1、雌蚊回避雄蚊理论：雄蚊仅靠花蜜、植物汁液等营养就足够，不吸血；而雌蚊必须吸取人畜血液，才能孕育产卵；雄蚊子会不断发出求偶的声波，但已经受孕的雌蚊因为不想重复受孕，便会竭力回避雄蚊。驱蚊器是利用这个原理，模拟雄蚊飞行时震动翅膀所发出声音的频率来吓走雌蚊，达到驱蚊效果。
2、模仿蚊子的天敌——
蝙蝠的声音。蝙蝠会利用超声波定位猎物。有的昆虫（例如某些夜蛾）为了抵御蝙蝠的捕食，进化出能够识别超声波的器官，在听到蝙蝠的声音后就能够逃开。
1、关于第一种理论。从蚊子的习性来讲，大部分种类的蚊子在破蛹后的几天内会组成一个由雄性组成的大群。而雌性个体会被大群雄性翅膀发出的声音所吸引，进入群体中寻找配偶。包括蚊子在内的所有昆虫的雌性的生殖器官中有一个叫做
受精囊（spermatotheca）的结构，通常情况下一次正常的交配后受精囊内储存的精子就足够其一生所用，但这并不意味着所有种类的蚊子的雌性都会拒绝多次交配。所以，“已经受孕的雌蚊因为不想重复受孕，便会竭力回避雄蚊”这个说法难以成立。
其次，蚊子翅膀震动频率约在每秒250到1000次这个范围内，其声波频率范围基本也在250Hz至1000Hz之间。蚊子能听到其它个体翅膀发出的声音，但翅膀震动的频率与蚊子品种有关，各种蚊子的这个数值有一定的差异。所以，即使某一频段的声波确实能驱除某种蚊子，也无法所有的蚊子有效。
2、关于第二种理论：
电子驱蚊器在西方市场上出现了几十年，在这段时间内不断受到质疑，而大部分的驱蚊器也都没有能够通过科学的检验。
曾有科学家作过一系列试验，评价了频率为2～60 kHz、谐波峰为4～68 kHz的11 种超声波驱蚊器在不同距离对埃及伊蚊（ Aedes aegypti ）、尖音库蚊（ Culex pipiens ）、四斑按蚊（ Anopheles quadrimaculatus ）、白纹伊蚊（ Aedes albopictus ） 和趋血蚊（ Haemagogus equinus ）等雌蚊的驱避效果。结果发现在野外和实验室条件下，测试产品没有一种能成功阻止这些蚊虫的叮咬。
在政府方面，美国的联邦贸易委员会和国家环境保护署曾对超声波驱虫产品进行过严格的审查，他们表示还没有足够的证据可以证明这类产品对害虫或鼠类有驱避的效果。此外，美国印第安州政府还曾要求44个生产超声波驱虫（鼠）器的厂商提供证明其产品的确有效的试验数据，最后只有5个厂商给予了回复，且这5个 厂商提供的数据还都没法支持其产品真的有效。显然，这些驱虫（鼠）产品并没有厂商吹嘘的神奇效果。
从PC角度来讲，民用
多媒体音箱都是按照人耳20Hz-20kHz的听觉范围设计的，声音往往在18kHz就开始衰减了，在20kHz以上频段不衰减的几乎没有。所以，电脑上使用超声波驱蚊软件来驱赶蚊子的话还需要一套hifi设备（高保真）。《北京青年报》就曾委托专家对驱蚊软件进行测试，试验结果显示，几款所谓的超声波驱蚊软件均未能发出超声波。
电脑音箱都无法超声波，
手机扬声器同样也困难。
从直接效果来看，驱蚊软件效果有限，对于人体来说，长时间超大剂量的超声波有可能会对
人体细胞造成损伤。人们在运用超声波时，也都需要严格的控制强度，以保证安全。