为了推动高等学校加快实验室建设和实验教学改革，促进优质教学资源整合与共享，提升高等学校办学水平，提高学生动手能力、实践能力和创新能力的培养，提高高等教育教育质量，教育部2005年启动了国家级实验教学示范中心建设和评审工作。其目标是在高等学校实验教学中心建设的基础上，通过评审建立一批国家级实验教学示范中心，促进高等学校和教师树立以学生为本、知识传授、能力培养、素质提高协调发展的教育理念和以能力培养为核心的实验教学观念，建立有利于培养学生实践能力和创新能力的实验教学体系，建设满足现代实验教学需要的高素质实验教学队伍，建设仪器设备先进、资源共享、开放服务的实验教学环境，建立现代化的高效运行的管理机制，全面提高实验教学水平，为高等学校实验教学提供示范经验，带动全国高等学校实验室的建设和发展。 经过2005-2007三年的评审工作，到2007年底，共建设评审了16个学科门类219个国家级实验教学示范中心，并带动全国建设了一大批省级实验教学示范中心，覆盖了31个省、自治区、直辖市的600多所高等学校，初步形成了国家和省、市级实验教学示范中心两层次分布的局面，极大地提高了高校实验教学工作水平和实验室建设水平，也必将在培养创新人才方面发挥重要作用。
为了加强高等学校国家级实验教学示范中心之间的合作与交流，推动示范中心建设工作的深入开展，更好地发挥示范中心优质资源的示范作用和辐射效应，实现共同发展的目标，在教育部高教司的指导下，经各示范中心协商，决定建立高等学校国家级实验教学示范中心联席会议制度，并经过2007年教育部高教司在太原召开的第二次国家级实验教学示范中心工作会议大会讨论，修改通过了高等学校国家级实验教学示范中心联席会议章程。示范中心联席会的主要工作任务是：探讨示范中心的建设与发展方向，研究示范中心建设发展过程中出现的共性问题，为教育行政部门制定相关政策提供意见和建议；研究示范中心优质资源的开发与共享机制，促进各示范中心信息化与实验教学资源的建设；组织各示范中心之间的经验交流，促进示范中心之间相互沟通与合作；推动与其它国家（地区）高等学校之间的交流，进一步提高我国高等学校的实验教学水平；组织开展各类培训活动，加强宣传，发挥国家级实验教学示范中心的示范与辐射作用。
按照国家级实验教学示范中心联席会议章程的规定，经过各学科组的提名，推荐产生了国家级实验教学示范中心联席会议工作委员会、工作委员会主任和秘书长，并确定第一届国家级实验教学示范中心联席会挂靠在
北京大学。2008年2月，教育部高教司转发了《高等学校国家级实验教学示范中心联席会章程（试行）》（教高司函[2008]45号）。2008年4月，国家级实验教学示范中心联席会工作委员会第一次会议在北京大学召开。至此，联席会正式成立并按照章程开展各项工作。