高邮市档案馆截止2011年底，馆藏
档案五万余卷，资料八千多册。其中，馆藏档案有市直机关各部门和部分基层企事业单位的多种门类不同载体的档案及明、清以来的历史档案资料和解放后的机关部门党政文书、户粮办的“农转非”、高邮镇的婚姻档案等种类。尤其保存较为完整的户粮办公室的“农转非”档案，为当年插队知青、全家下放人员解决了工龄、户口、职称等实际问题。馆藏资料有图书、刊物、报纸等，还有党和国家领导人视察高邮的照片、题词等重要资料。这些档案、资料全面记载了高邮地区社会发展的历史，内容丰富，价值珍贵。
现有馆藏84个全宗51376卷，按时期分为：明清档案为101号全宗1号目录90卷，民国档案为101号全宗2-14号目录1473卷，革命历史档案为201号全宗1号目录36卷；建国后档案83个全宗49777卷；馆藏资料8401册。
1、明清档案，共90卷。有《高邮州志》、《（续增）高邮州志》、《（再续）高邮州志》、《（三续）高邮州志》、《嘉靖惟扬志》，此外，我馆还保存了较为完整的《日本国志》、《
王西楼先生乐府》、《高邮县乡土表解》、《高邮乡土志》等。
2、民国档案，共1473卷。主要由民国以前的土地和房屋契约档案、反映办理案件程序的诉讼档案及国民党地方政权的民事控告、案件处理、干部训练、经费支出、青年服务社、团员花名册等。
3、革命历史档案，共36卷。内容反映华中地委坚持敌后斗争与恢复阵地的总结、报告，工作指示、命令及粮食工作决议、各区牺牲干部登记表、军人家属优待工作条例、办法，县委编印《生根》及会议纪录等。
1、文书档案，共41262卷，主要是市直机关各部门和部分基层企事业单位形成的不同种类的档案。内容除上级有关政策性文件，大部分为本地政治、经济、科学、文化等社会各方面工作的文件，能够较全面地反映高邮各个时期主要工作的轨迹。
2、专门档案，共10114卷。其内容包括婚姻档案419卷、会计档案5920卷、死亡干部（人物）档案613卷、户粮“农转非”档案671卷、监察案件档案2171卷、人口普查档案278卷、照片档案42卷等。
照片档案，其内容包括建国以来刘少奇、李鹏、朱镕基、费孝通、李铁映、司马义·艾买提等党和国家领导人来邮视察、参观的情况以及历届人代会、党代会、政协会、在邮拍摄电影的照片和省、市档案局领导来我馆指导工作的照片等。