魁星阁始建于清乾隆年间，道光时期曾重修，咸丰时毁于战火，同治年间再度重建，抗战期间日军侵占南京时再次被毁，后又重新复建。过去古老的南京城无高楼大厦，因此方圆数十里内外都可远望到这一秦淮名胜，是秦淮名胜之一，夫子庙的标志性建筑之一。
奎星阁内塑有一个鬼形的神象，一脚向后跷起，形如“魁”字的大弯钩；一手捧斗，象征“魁”字中的小斗字；一手执笔如点状，以示点中了中举的士子。这就是传说的“魁星点斗”。科举时代，据说“魁星点斗”为文运兴旺之兆，于是取“魁”字字形的会意，在阁内塑造了这么个似鬼似神的塑像。清代士子们对这座“魁星”像毕躬毕敬，每当秋闱开考之前，朝拜者争往不绝。
据古书记载，“奎星”是天上二十八宿之一，最初在汉代《
孝经援神契》纬书中有“奎主文章”之说；东汉宋均注：“奎星屈曲相钩，似文字之划。”由此后世把“奎星”演化成天上文官之首，为主宰文运与文章兴衰之神。
历代封建帝王把孔子比作“奎星”，所以奎星阁总是建在
文庙之旁，南京夫子庙在当时的江南贡院之侧，也是南京地区的
文庙，所以奎星阁就建在了
夫子庙大成殿之前，后又把“奎”化为“魁”。
相传，魁星阁的顶部原为红色，后改为蓝色，至于换色原因，据说：魁星阁的顶部原是红色的，由于
夫子庙地区经常遭雷击，死人很多，百姓对此束手无策。有一天，一位“风水高人”对当时的
两江总督说，这红顶不好，触犯雷公，换成蓝顶就不会再遭雷击了，但风水一破，
南京从此再也不出三品以上的大官。两江总督说，为了一方百姓安宁，南京人不出大官也罢。于是将红顶换成蓝顶，说来也怪，换顶后，夫子庙一带再也没有雷击失火。在乾隆、咸丰、太平天国年间和
抗日战争时期，夫子庙曾四次毁于战火，其历史时期的旧貌无从考证。