在一场歌剧表演中，一位面目丑陋不堪的老妇生下了一个相貌标致、拥有天使面孔的男婴。然而男婴的姐姐（
朱莉娅·奥蒙德饰）却声称孩子是自己的。处女生子的荒唐前提一旦成立，一连串不可思议的玄虚之事便相继发生，整个世界的秩序将不复存在。她先是宣称男婴为神之附体的圣婴，后是以
圣母玛利亚自称，靠圣婴赚取钱财。当姐姐与主教（
菲利普·斯通饰）的儿子（
拉尔夫·费因斯饰）相恋时，却遭到了圣婴的阻碍，主教的儿子惨死在牛角之下。姐姐为了报复，杀死了圣婴，闻讯赶来的人们要求严惩这个触犯天条的女人，于是她被判处了死刑，由于当时法律规定，处女是不能处死的，所以主教命令208名士兵强奸她。姐姐在强暴中死去，人们欢快地将圣婴肢解后分掉，希望可以得到圣婴的庇佑。
导演
彼得·格林纳威表示，《魔法圣婴》讲的是剥削幼儿的故事，因为剥削幼儿的行为尤其是在英国和欧洲各国又死灰复燃，把孩童往其他国家输出，性暴力、利用童工，完全将孩童附属化。观看该片后、观众们必定会想到意大利艺术设计师Oliviero Toscani的照片吧，彼得就是看了他的二幅照片，才决定拍摄该片的。第一幅是用在广告上的一张新生儿的海报；另一张是登在
ELLE杂志封面一个14、5岁的女孩，怀抱一个很明显是别人的婴儿的照片。这等于是把婴儿和皮包、皮鞋一样视为成人的附属品的行为、这些使彼得联想到
米开朗基罗的圣母像，碧眼的婴儿竟成为了时尚宣传，以及资本主义的牺牲品。
关于影片以17世纪为故事背景的理由，导演彼得·格林纳威表示，许多电影都是标榜自然主义或写实主义，但他对这些没有兴趣，他想拍的是人工的作品。而且他认为时空设定在17世纪是最好的做法，当然由于不是现代的故事，也比较容易表现出反自然主义或反写实主义的内容。而且舞台剧形式更容易令观众感受到“人工”的讯息。选择教会当背景，是因为教会和戏剧的舞台十分相似，全身裹着华服的教会人士就好比表演戏剧的演员，当时天主教会透过布道宣教的活动，使这种形象提升到完美的境界、这种教会的存在方式，和现代的广告业，商业电视台都有共通之处。
用哲学的理性思辨和神学的隐寓象征来表述一个真假难辨的荒诞故事，《魔法圣婴》堪称杰作。很少有影片如此居高临下又咄咄逼人，用只有在神话或童话传说中才被认可的存在状态来质询真实。剧情发展的每一个重要支点都透着荒诞，人们耳熟能详的叙事规律在影片中根本不存在，影片导演更乐于电影修辞的准确与精练，胶片的每一格都被概念化，在真实与假定之间跳跃、存在与虚无之间转换，并循着以“无”为本，“有”生于“无”的精神本原，向“有”即是“无”的终极复归过渡。这是大智慧者的人生谒语，还是玩世不恭者的恶意调侃呢，判断能力的高低直接左右答案。
影片最终也没有交待清楚故事的真假、身份的真假、台词的真假。影片中唯一不经表现的真实是舞台地板下面的阴暗角落，圣婴的生母伴着鸡鸭思念自己的儿子。在大部分场景里，真假并存，正反同列，舞台的空间被含混的剧场空间否定，演员的表演身份被观众的介入身份否定，当这些因素在剧情中统一后，接下去的转换又可能是对否定的否定。观众被一个个概念和意象折磨得头昏脑胀，必须迅速接受影片给出的真与假、虚与实的双重信息，才能跟上影片的节奏。结果可能各种各样，观众可以认为这是一个真实的谎言；可以认为这是舞台表演；也可以认为这就是生活。复合结论也许并非导演本意，但显然影片没有明确的结论暗示，导演只是给出思考空间，对试图接近他的人，他定的是专业标准。（《南京艺术学院学报-音乐与表演》评）