《魔法少女小圆剧场版 [新篇] 叛逆的物语》是日本2011年的原创动画《魔法少女小圆》剧场版动画系列的第三部作品。与电视版总集篇的前两部剧场版《[前篇] 起始的物语》和《[后篇] 永远的物语》有所不同，《[新篇] 叛逆的物语》讲述的是发生在电视版结局之后的全新剧情。

※以下内容涉及剧透。

就读于见泷原中学的鹿目圆、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子，每晚都在以魔法少女的身份与人类的恶梦具象化的怪物“梦魇”战斗着。同样身为魔法少女的转学生晓美焰也加入其中，五位魔法少女与麻美的朋友“贝贝”以及魔法的使者“丘比”一同击退梦魇，但在这个过程中，焰开始察觉到违和感。她向杏子说明了自己的感觉，并邀请杏子一同展开调查，但两人却无法走出见泷原以外，焰由此认定自己和伙伴们的记忆遭到某人的篡改，以及自己身处的见泷原是“魔女”所构筑的结界。

然而魔女应该已经不存在于这个世上——曾经，将魔法少女的希望变为绝望，并令她们变为魔女的悲惨因果，这样的世界已经由鹿目圆以自己的存在为代价而改写。她自身形成了新的概念“圆环之理”，背负了将全部魔女在诞生前消灭的宿命，而见证了这一切的焰则继承了圆的意志，成为唯独保有世界重构前记忆的人，与魔女的替代产物魔兽展开战斗——本该是这样。

取回有关魔女记忆的焰，察觉到贝贝的正体是在自己的经历当中曾杀死过麻美的魔女“夏洛特”，她抓住贝贝质问，却因此招致与麻美的战斗。焰在激烈的战斗最后落败，被突然现身的沙耶香救走。逃离险境之后，沙耶香向焰阐述自己的见解。她认为这个见泷原的和平景象，是因为结界制造者期待这个世界的缘故，同时质疑破坏眼前安逸的必要性，而焰则对于沙耶香的态度抱持疑惑。另一方面，麻美也开始对自己的记忆产生怀疑，此时贝贝告诉麻美，自己是名为“百江渚”的魔法少女，并希望她倾听自己的话。

沙耶香以超出焰记忆的熟练动作脱离，跟丢了沙耶香的焰在夜晚的街道游荡时遇到了圆。两人在山丘上交谈，期间焰确认了与自己对话的圆是真正的圆，同时体认到圆与自己及朋友们永别的悲哀，不禁潸然泪下。

不久，焰终于得出“这个虚假的见泷原，正是因自己的愿望而在灵魂宝石中创造出来的世界”这一结论。现实世界中的焰，已经处在濒临魔女化的状态，而造成这种现象则正是丘比——“孵化者”为了确保“更加有效率地收集感情能量的方法”而施加干预的结果。丘比从焰之处听说魔女的存在后，为了验证圆环之理与魔女的存在，自外部干涉焰的灵魂宝石，使来自外部的干涉被切断，但来自内部的干涉却不会隔绝。因此，在魔女化的焰的期望下，包含圆在内的一部分人被召唤至结界当中，并被改写了记忆，形成了虚假的见泷原。

丘比的最终目的是通过观测圆环之理对其进行干涉和控制，但此时结界内的圆由于失去原本的记忆而令丘比的企图无法实现。若是圆取回有关圆环之理的记忆，则丘比可以达成目的，焰也可得到救赎，深明此点的丘比催促焰向圆寻求救济。但这种践踏圆的本意的心思使焰被激怒，她为了不让丘比得逞，选择了不接受圆环之理的救赎、令自己魔女化并被同伴打倒的选项，但这同时也意味着焰将陷入万劫不复的绝望之中。

就在焰选择了破灭之时，圆和同伴们为了拯救焰而出现。原来沙耶香与渚是死前受引导所救赎，成为“圆环之理随从”的存在，可视需要在魔法少女和魔女的形态互换。洞悉丘比实验计划的圆，则早在进入这个世界前，就将自己的力量与记忆嘱托给沙耶香和渚运送。在众人的活跃之下，覆盖魔女结界与焰的灵魂宝石的空间遮断力场被破坏，丘比的图谋以失败告终。

圆取回了作为圆环之理的记忆与力量，现实世界的焰也即将受到圆环之理的引导。在麻美和杏子的看护之下，身为圆环之理的圆与一同前来的沙耶香、渚自天上现身，为了引导焰而将手伸向焰的灵魂宝石。但此时，焰的脸上却浮现出了诡异的微笑，并抓住圆的手臂，将她作为“人类”的那部分记忆抽出。这一行为将圆环之理的一部分切裂开来，而焰的灵魂宝石也染上了超越诅咒的恐怖颜色，世界则经由焰的手再度被改写。

焰自称染黑自己灵魂宝石的甚至不是诅咒，而是“比希望更热烈、比绝望更深刻的感情——爱”，而做出渎神举动的自己则已经堕落为“魔”。看到事态已经超出自己控制范围的丘比虽然打算退出，却被焰强行抓住，并为了净化世间的诅咒而要求他为自己干活。

在改写后的世界中，麻美和杏子回归原本的生活，而沙耶香和渚则无法回归圆环之理，再度以人类的身份在世间生存。尚残留着有关圆环之理记忆的沙耶香，对焰亵渎圆环之理的行为做出谴责，但焰却回应“我只是取下了圆作为人类时的记忆”、“身为魔的我对抗神是理所当然的”。沙耶香也在焰的影响下逐渐失去有关圆环之理的记忆，但唯独留下了焰是“恶魔”的这一记忆。

圆以转学生的身份转入焰的班级，在焰带着圆参观校园之际，圆说自己“似乎忘记了什么重要的事情”。焰向圆询问对于她来说秩序或是欲望哪一个更重要，在圆答以“秩序”之后，焰认为自己终有一天将与圆敌对。之后，焰把当初圆送给她的丝带还给了圆，含泪说道“果然，还是你比较适合呢”。

半月之夜，焰坐在悬崖边的椅子上，而她的脚下，则是已经满身疮痍的丘比。随后，焰开始在降雪的月夜之下起舞，自高台一跃而下……《叛逆的物语》就此闭幕。

新篇故事的设想在电视版尚未播放完毕之际即已有之。新篇情节架构的原型最初由虚渊玄提出，而据虚渊所说，自己原本只是构思了电视版剧情的延伸，此时新房昭之提出“可以让圆焰两人敌对”，因而才有了影片的结局部分。在影片上映前，新房也曾有过“请带着坚强的内心来看”的建议。

根据日本院线统计，截至上映1周时，剧场版《魔法少女小圆 [新篇] 叛逆的物语》的总票房为10亿453万8650日元，共有72万2527人前去观看电影，成为深夜动画改编剧场版作品中最快达到10亿票房的作品。在过去最快达到10亿票房的深夜动画剧场版是2011年上映的《轻音少女》，当时《轻音少女》上映13天票房累计突破10亿。

截至2013年12月31日，《叛逆的物语》累计票房达到20亿287万9400日元，超过2011年的《轻音少女》剧场版；在日本的最终票房成绩为20.8亿日元，创下深夜动画剧场版最高票房纪录（2015年8月1日，这一纪录被票房超过22亿日元的《LoveLive!学园偶像电影》打破）。

由梶浦由记创作，音乐CD收录于BD/DVD限定版中。

于2014年4月2日发售，限定版同时收录影片的原声音乐CD。

清水节（日本电影评论家）在Cinema Today的影评栏中给出了4颗星的评价（满分为5颗星），在短评中称：“（这部作品是）将充斥着谎言的‘当下’看破的危险寓言……与其说是电视系列的后续，不如认为它是担当了‘不可盲信那种结局’的证明以及将世界观补完的任务。”

冈田斗司夫（日本动画制片人、电影评论家，动画公司GAINAX的前CEO）在2013年11月3日的NICONICO生放送节目中给作品打出了92分的评价（满分为100分）。

奈须蘑菇（日本游戏剧本作家、小说家，游戏品牌TYPE-MOON的剧本担当）在个人网站“竹帚”中写道：“事到如今由像我这样的人来做短评未免有些可笑，就是这般优秀的作品。有时间的话，希望能赶紧解决掉工作然后去看第二遍，这可是真心话。”