消化道分为口腔、咽、
食道、胃、肠、泄殖腔（
软骨鱼类）或肛门（
硬骨鱼类）。口由上下颌围绕而成，鱼类已经进化为有颌类动物。上、下颌虽然有牙齿，但只有捕捉和咬住食物的作用，无咀嚼功能。牙齿的性状多样，性状与食性有关，肉食性的牙齿较尖，食草性的草鱼牙齿，如咽喉齿有栉状突起以切割水草。口腔与咽无明显分界线，食道也很短，胃紧接食道后面。草食性和杂食性鱼类的胃分化不明显，但肠管较长。肉食性鱼类不仅有胃，有些
硬骨鱼类在胃与肠交界处还生有幽门盲囊的突起。其机能一般认为与分泌和吸收有关。幽门盲囊的数目可作为分类的依据之一。鱼类肠的分化多数不明显，
软骨鱼类可明显辨出小肠和大肠两部分，小肠又分为十二指肠和回肠，回肠内具螺旋瓣，螺旋瓣增加了肠的吸收面积，并起到延缓食物向后移动的作用，这种以螺旋瓣来增加吸收面积的方式是一种原始的方式。大肠有分为结肠和直肠。硬骨鱼类的肠内一般无螺旋瓣。
软骨鱼类的直肠开口于泄殖腔，泄殖腔是直肠末端略微膨大而成，
输尿管和生殖管均开口于此腔。泄殖腔以单一的泄殖孔通向体外。
硬骨鱼类的直肠末端有独立开口的肛门，位于生殖孔之前。
鱼类的消化腺主要有肝脏和胰脏。肝脏的主要功能是分泌胆汁，并贮存在胆囊内，由胆管输入小肠，可分解脂肪。软骨鱼类独有的胰脏，能分泌胰液，沿胰管通入肠内，胰液含有多种消化酶，可消化蛋白质、脂肪、淀粉。有些硬骨鱼类的
胰脏为弥散腺体，分布在肠系膜上或埋藏于肝中，
肝脏和胰腺混杂在一起，故称为肝胰脏。
颌的出现是鱼类动物以至于
脊椎动物演化的一件大事,它的出现,带动了齿,鳃,咽部,整个
颅骨的进化。
幽门之前的消化管一般成为前消化管,食道在鱼类中不很明显,但胃在大部分现存鱼类中已经存在,在鱼类的演化史中,一般推测,胃的机能先是为了用来储存来之不易,并且没有时间保证的大量的食物,然后是对食物的机械处理,最后才产生了消化酶.圆口类(七鳃鳗,
盲鳗)无胃,是原始性的表现,但一些真骨鱼也无胃,这可能是次生性的.
主要的消化过程发生在后消化管,化学处理和吸收两大功能是由肠来完成的.值得一提的是,各主要鱼类中,都有肠部具有螺旋瓣的类型,这种具螺旋瓣的肠可能是
脊椎动物中的原始情况,螺旋瓣大大增加了肠的表面积,使鱼类的短肠的机能得以大大提高,在鱼类中,螺旋瓣最明显的要见于鲨类,鲨类的
螺旋瓣旋转数最多,该结构也存在于银鲛类(全头类软骨鱼),而且化石表明在盾皮鱼中也存在螺旋瓣,在硬骨鱼中,现代的肺鱼和低等的辐鳍鱼中都有保存.一些真骨鱼中也存在螺旋瓣的痕迹.圆口类七鳃鳗的肠中有低平的脊,这种结构被推测为退化的螺旋瓣,因为其寄生的特性,也许其食料比较容易消化。
均起源于内胚层,
肝脏有分泌,解毒,储存,甚至排泄等功能,是最大的消化腺体,胰则是有分泌和内分泌的功能,是重要的消化腺文昌鱼有一个大的囊状突起,称为肝盲囊,被认为是
脊椎动物肝脏的雏形.对于鱼类来说,肝脏细胞和胰脏细胞常常混合不易区别,共同行使外分泌消化的功能,统称为肝胰脏,另外一些胰的细胞也散见于鱼类的肠壁之中。