鹿港溪位于台湾彰化县鹿港镇，常与员林大排与大武郡溪搞混。其记录最早可追溯至康熙三十四年（1695年）《台湾府志》〈台湾府总图〉内的“鹿仔溪”，但其实并不是溪，而是港湾，原“河道”即今鹿港镇成功路，经截弯取直后成为今复兴南路南边的“旧港沟”。

鹿港港湾外原有一座浮屿，名叫“乌鱼寮”，为鹿港镇立图书馆一带，港湾可延伸到日茂行前，经泊仔寮、新宫口、埔头、瑶林、九间厝、后宅、车围、顶菜园、下菜园，最后到鹿港地藏王庙一带。

鹿港港湾在道光年间已经严重淤积，道光十一年（1831年）重修鹿港龙山寺时大型船只已无法进入，得靠小船过去接驳建材，之后咸丰与光绪年间经历浊水溪泛滥后，鹿港港湾与乌鱼寮之间的航道日渐缩小，到日据时期已成为港沟，明治三十七年（1904年）的台湾堡图上即将此港沟记为“鹿港溪”。