麒麟中心小学坐落在著名的
六朝古都南京东郊的
麒麟门。学校前身为江宁县其林乡中心小学，原址在今麒麟门大街麒东路20号，始建于1927年。
办学初期，学校条件极其简陋，租用民房2间，后迁至其林门庵里，教师仅有1人，学生不足20人。1934年，建草房6间作为校舍。1937年，日寇入侵，校舍被焚，学校停办。
抗战胜利后至1948年，校名易为南京市第十三区其林门国民小学。1949年9月，更名为南京市
第九区其林门小学。
1994年，学校易地新建，1995年8月迁入现址。2001年，更名为江宁区麒麟中心小学。2003年，校舍再次扩建，建筑总面积达到12349平方米，办学规模增至六轨，教学硬件设施已初步达到教育现代化的标准。